1. Spieltag 05.08.2012 Eintracht Braunschweig - 1. FC Köln 1:0
2. Spieltag 10.08.2012 1. FC Köln - SV Sandhausen 1:1
3. Spieltag 27.08.2012 Erzgebirge Aue - 1. FC Köln 2:0
4. Spieltag 31.08.2012 1. FC Köln - Energie Cottbus 0:1
5. Spieltag 17.09.2012 1. FC Köln - FC St. Pauli 0:0
6. Spieltag 21.09.2012 1. FC Union Berlin - 1. FC Köln 2:1
7. Spieltag 25.09.2012 1. FC Köln - FSV Frankfurt 2:1
8. Spieltag 28.09.2012 SC Paderborn 07 - 1. FC Köln 1:2
9. Spieltag 08.10.2012 1. FC Köln - Dynamo Dresden 1:1
10. Spieltag 20.10.2012 Jahn Regensburg - 1. FC Köln 2:3
11. Spieltag 26.10.2012 1. FC Köln - 1. FC Kaiserslautern 3:3
12. Spieltag 04.11.2012 VfR Aalen - 1. FC Köln 2:0
13. Spieltag 09.11.2012 1. FC Köln - MSV Duisburg 0:0
14. Spieltag 16.11.2012 TSV 1860 München - 1. FC Köln 0:2
15. Spieltag 23.11.2012 1. FC Köln - VfL Bochum 3:1
16. Spieltag 29.11.2012 Hertha BSC - 1. FC Köln 1:1
17. Spieltag 02.12.2012 1. FC Köln - FC Ingolstadt 04 1:0
18. Spieltag 10.12.2012 1. FC Köln - Eintracht Braunschweig 2:2
19. Spieltag 14.12.2012 SV Sandhausen - 1. FC Köln 0:0
20. Spieltag 02.02.2013 1. FC Köln - Erzgebirge Aue 2:1
21. Spieltag 09.02.2013 Energie Cottbus - 1. FC Köln 0:0
22. Spieltag 18.02.2013 FC St. Pauli - 1. FC Köln 0:1
23. Spieltag 23.02.2013 1. FC Köln - 1. FC Union Berlin 2:0
24. Spieltag 03.03.2013 FSV Frankfurt - 1. FC Köln 1:1
25. Spieltag 09.03.2013 1. FC Köln - SC Paderborn 07 3:0
26. Spieltag 18.03.2013 Dynamo Dresden - 1. FC Köln 0:2
27. Spieltag 31.03.2013 1. FC Köln - Jahn Regensburg 2:1
28. Spieltag 05.04.2013 1. FC Kaiserslautern - 1. FC Köln 3:0
29. Spieltag 14.04.2013 1. FC Köln - VfR Aalen 1:0
30. Spieltag 22.04.2013 MSV Duisburg - 1. FC Köln 1:1
31. Spieltag 28.04.2013 1. FC Köln - TSV 1860 München 1:1
32. Spieltag 04.05.2013 VfL Bochum - 1. FC Köln 2:1
33. Spieltag 12.05.2013 1. FC Köln - Hertha BSC 1:2