1. Spieltag 11.08.2006 Kickers Offenbach - FC Carl Zeiss Jena 2:2 gelbe Karte
2. Spieltag 18.08.2006 FC Carl Zeiss Jena - Eintracht Braunschweig 0:0 gelbe Karte
3. Spieltag 25.08.2006 FC Carl Zeiss Jena - 1. FC Köln 3:2 Tor
4. Spieltag 15.09.2006 Rot-Weiss Essen - FC Carl Zeiss Jena 4:4
5. Spieltag 24.09.2006 FC Carl Zeiss Jena - SC Paderborn 07 1:1
6. Spieltag 01.10.2006 TSV 1860 München - FC Carl Zeiss Jena 2:0
7. Spieltag 15.10.2006 FC Carl Zeiss Jena - SpVgg Unterhaching 0:2
8. Spieltag 20.10.2006 Karlsruher SC - FC Carl Zeiss Jena 4:1
9. Spieltag 27.10.2006 FC Carl Zeiss Jena - TuS Koblenz 2:0 gelbe Karte
10. Spieltag 03.11.2006 Hansa Rostock - FC Carl Zeiss Jena 1:1
11. Spieltag 08.11.2006 FC Carl Zeiss Jena - SpVgg Greuther Fürth 1:1
12. Spieltag 12.11.2006 Erzgebirge Aue - FC Carl Zeiss Jena 5:1
14. Spieltag 24.11.2006 MSV Duisburg - FC Carl Zeiss Jena 4:0
15. Spieltag 03.12.2006 FC Carl Zeiss Jena - Wacker Burghausen 0:2
16. Spieltag 08.12.2006 1. FC Kaiserslautern - FC Carl Zeiss Jena 0:0
17. Spieltag 15.12.2006 FC Carl Zeiss Jena - FC Augsburg 0:2 gelbe Karte
18. Spieltag 19.01.2007 FC Carl Zeiss Jena - Kickers Offenbach 2:3
19. Spieltag 26.01.2007 Eintracht Braunschweig - FC Carl Zeiss Jena 1:0
20. Spieltag 04.02.2007 1. FC Köln - FC Carl Zeiss Jena 1:0 gelbe Karte
24. Spieltag 02.03.2007 SpVgg Unterhaching - FC Carl Zeiss Jena 2:0
28. Spieltag 08.04.2007 SpVgg Greuther Fürth - FC Carl Zeiss Jena 2:0
29. Spieltag 16.04.2007 FC Carl Zeiss Jena - Erzgebirge Aue 2:1
30. Spieltag 22.04.2007 SC Freiburg - FC Carl Zeiss Jena 1:3 Tor
31. Spieltag 27.04.2007 FC Carl Zeiss Jena - MSV Duisburg 3:3 gelbe Karte
32. Spieltag 06.05.2007 Wacker Burghausen - FC Carl Zeiss Jena 1:1 Tor
33. Spieltag 13.05.2007 FC Carl Zeiss Jena - 1. FC Kaiserslautern 1:1
34. Spieltag 20.05.2007 FC Augsburg - FC Carl Zeiss Jena 1:2