1. Spieltag 26.07.2008 SpVgg Unterhaching - Werder Bremen II 3:0
2. Spieltag 09.08.2008 Werder Bremen II - SV Sandhausen 4:3 TorTor
3. Spieltag 16.08.2008 Jahn Regensburg - Werder Bremen II 1:0
4. Spieltag 24.08.2008 Werder Bremen II - Erzgebirge Aue 4:2 Tor
5. Spieltag 30.08.2008 Rot-Weiß Erfurt - Werder Bremen II 3:1
6. Spieltag 12.09.2008 Werder Bremen II - Kickers Emden 0:1
7. Spieltag 19.09.2008 Bayern München II - Werder Bremen II 1:1 Tor gelbe Karte
8. Spieltag 26.09.2008 Werder Bremen II - VfB Stuttgart II 4:5 TorTor
9. Spieltag 04.10.2008 Kickers Offenbach - Werder Bremen II 1:0
10. Spieltag 19.10.2008 Werder Bremen II - 1. FC Union Berlin 1:2
11. Spieltag 24.10.2008 Wuppertaler SV - Werder Bremen II 2:1
13. Spieltag 01.11.2008 Eintracht Braunschweig - Werder Bremen II 1:1 gelbe Karte
14. Spieltag 08.11.2008 Werder Bremen II - FC Carl Zeiss Jena 0:0
12. Spieltag 12.11.2008 Werder Bremen II - Dynamo Dresden 0:1
15. Spieltag 15.11.2008 VfR Aalen - Werder Bremen II 1:0
17. Spieltag 28.11.2008 Werder Bremen II - SC Paderborn 07 2:3 Tor
16. Spieltag 03.12.2008 Werder Bremen II - Wacker Burghausen 2:2
18. Spieltag 07.12.2008 Stuttgarter Kickers - Werder Bremen II 3:2
19. Spieltag 14.12.2008 Werder Bremen II - Fortuna Düsseldorf 2:0
20. Spieltag 20.12.2008 Werder Bremen II - SpVgg Unterhaching 1:0 gelbe Karte
24. Spieltag 28.02.2009 Werder Bremen II - Rot-Weiß Erfurt 2:1 gelbe Karte
21. Spieltag 03.03.2009 SV Sandhausen - Werder Bremen II 3:1
25. Spieltag 06.03.2009 Kickers Emden - Werder Bremen II 3:1
22. Spieltag 10.03.2009 Werder Bremen II - Jahn Regensburg 2:2 Tor gelbe Karte
23. Spieltag 17.03.2009 Erzgebirge Aue - Werder Bremen II 0:1 Tor
27. Spieltag 20.03.2009 VfB Stuttgart II - Werder Bremen II 2:0
28. Spieltag 28.03.2009 Werder Bremen II - Kickers Offenbach 3:1 Tor
30. Spieltag 07.04.2009 Werder Bremen II - Wuppertaler SV 1:1 Tor
31. Spieltag 11.04.2009 Dynamo Dresden - Werder Bremen II 2:1 Tor
32. Spieltag 18.04.2009 Werder Bremen II - Eintracht Braunschweig 1:1 Tor
33. Spieltag 25.04.2009 FC Carl Zeiss Jena - Werder Bremen II 3:1
34. Spieltag 03.05.2009 Werder Bremen II - VfR Aalen 3:1 TorTor gelbe Karte
35. Spieltag 08.05.2009 Wacker Burghausen - Werder Bremen II 2:2 Tor
36. Spieltag 12.05.2009 SC Paderborn 07 - Werder Bremen II 0:2 Tor
37. Spieltag 16.05.2009 Werder Bremen II - Stuttgarter Kickers 2:0
38. Spieltag 23.05.2009 Fortuna Düsseldorf - Werder Bremen II 1:0