1. Spieltag 11.08.2018 RB Leipzig [B-Junioren] - FC St. Pauli [B-Junioren] 1:0
3. Spieltag 19.08.2018 Hamburger SV [B-Junioren] - FC St. Pauli [B-Junioren] 5:1
5. Spieltag 02.09.2018 Holstein Kiel [B-Junioren] - FC St. Pauli [B-Junioren] 1:3
6. Spieltag 15.09.2018 FC St. Pauli [B-Junioren] - Dynamo Dresden [B-Junioren] 3:0
7. Spieltag 23.09.2018 FC St. Pauli [B-Junioren] - VfL Wolfsburg [B-Junioren] 0:4
8. Spieltag 29.09.2018 Chemnitzer FC [B-Junioren] - FC St. Pauli [B-Junioren] 1:1
10. Spieltag 20.10.2018 TeBe Berlin [B-Junioren] - FC St. Pauli [B-Junioren] 1:2
11. Spieltag 28.10.2018 FC St. Pauli [B-Junioren] - 1. FC Union Berlin [B-Junioren] 0:1
12. Spieltag 04.11.2018 Werder Bremen [B-Junioren] - FC St. Pauli [B-Junioren] 1:1
13. Spieltag 17.11.2018 FC St. Pauli [B-Junioren] - Energie Cottbus [B-Junioren] 5:1
14. Spieltag 24.11.2018 FC St. Pauli [B-Junioren] - RB Leipzig [B-Junioren] 1:5
15. Spieltag 01.12.2018 SC Borgfeld [B-Junioren] - FC St. Pauli [B-Junioren] 0:3
16. Spieltag 09.12.2018 FC St. Pauli [B-Junioren] - Hamburger SV [B-Junioren] 1:1
17. Spieltag 17.02.2019 Hertha BSC [B-Junioren] - FC St. Pauli [B-Junioren] 3:0
18. Spieltag 24.02.2019 FC St. Pauli [B-Junioren] - Holstein Kiel [B-Junioren] 4:3
19. Spieltag 03.03.2019 Dynamo Dresden [B-Junioren] - FC St. Pauli [B-Junioren] 1:2
21. Spieltag 31.03.2019 FC St. Pauli [B-Junioren] - Chemnitzer FC [B-Junioren] 0:2
22. Spieltag 06.04.2019 Hannover 96 [B-Junioren] - FC St. Pauli [B-Junioren] 0:1
23. Spieltag 14.04.2019 FC St. Pauli [B-Junioren] - TeBe Berlin [B-Junioren] 2:1
24. Spieltag 27.04.2019 1. FC Union Berlin [B-Junioren] - FC St. Pauli [B-Junioren] 0:1
25. Spieltag 25.05.2019 FC St. Pauli [B-Junioren] - Werder Bremen [B-Junioren] 3:3 rote Karte