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| 26.10.2012 | 18:00 | 1. FC Köln | - | 1. FC Kaiserslautern | 3:3 (2:1) | |
| 18:00 | FC Ingolstadt 04 | - | VfR Aalen | 2:0 (0:0) | ||
| 18:00 | Energie Cottbus | - | TSV 1860 München | 1:0 (1:0) | ||
| 27.10.2012 | 13:00 | Eintracht Braunschweig | - | Hertha BSC | 1:1 (1:0) | |
| 13:00 | Erzgebirge Aue | - | VfL Bochum | 6:1 (3:0) | ||
| 13:00 | SV Sandhausen | - | MSV Duisburg | 0:2 (0:1) | ||
| 28.10.2012 | 13:30 | FC St. Pauli | - | Dynamo Dresden | 3:2 (1:2) | |
| 13:30 | 1. FC Union Berlin | - | SC Paderborn 07 | 0:1 (0:0) | ||
| 13:30 | FSV Frankfurt | - | Jahn Regensburg | 3:1 (1:0) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
Eintracht Braunschweig | 11 | 8 | 3 | 0 | 19:4 | 15 | 27 |
| 2 |
|
Hertha BSC | 11 | 6 | 4 | 1 | 19:11 | 8 | 22 |
| 3 |
|
1. FC Kaiserslautern | 11 | 5 | 6 | 0 | 21:14 | 7 | 21 |
| 4 |
|
Energie Cottbus | 11 | 6 | 3 | 2 | 16:10 | 6 | 21 |
| 5 |
|
FC Ingolstadt 04 | 11 | 5 | 4 | 2 | 15:11 | 4 | 19 |
| 6 |
|
FSV Frankfurt | 11 | 5 | 3 | 3 | 16:13 | 3 | 18 |
| 7 |
|
TSV 1860 München | 11 | 4 | 5 | 2 | 14:8 | 6 | 17 |
| 8 |
|
VfR Aalen | 11 | 5 | 1 | 5 | 13:12 | 1 | 16 |
| 9 |
|
SC Paderborn 07 | 11 | 4 | 3 | 4 | 17:13 | 4 | 15 |
| 10 |
|
1. FC Köln | 11 | 3 | 4 | 4 | 13:15 | -2 | 13 |
| 11 |
|
Erzgebirge Aue | 11 | 3 | 3 | 5 | 14:14 | 0 | 12 |
| 12 |
|
1. FC Union Berlin | 11 | 3 | 3 | 5 | 14:16 | -2 | 12 |
| 13 |
|
FC St. Pauli | 11 | 2 | 5 | 4 | 10:15 | -5 | 11 |
| 14 |
|
Dynamo Dresden | 11 | 2 | 3 | 6 | 14:18 | -4 | 9 |
| 15 |
|
Jahn Regensburg | 11 | 3 | 0 | 8 | 12:16 | -4 | 9 |
| 16 |
|
SV Sandhausen | 11 | 2 | 3 | 6 | 9:19 | -10 | 9 |
| 17 |
|
VfL Bochum | 11 | 2 | 3 | 6 | 6:20 | -14 | 9 |
| 18 |
|
MSV Duisburg | 11 | 2 | 2 | 7 | 8:21 | -13 | 8 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
