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| 27.11.2012 | 17:30 | 1. FC Kaiserslautern | - | Jahn Regensburg | 1:1 (1:1) | |
| 17:30 | TSV 1860 München | - | SC Paderborn 07 | 1:0 (1:0) | ||
| 17:30 | Dynamo Dresden | - | VfR Aalen | 0:0 (0:0) | ||
| 17:30 | VfL Bochum | - | FSV Frankfurt | 1:3 (0:1) | ||
| 28.11.2012 | 17:30 | Eintracht Braunschweig | - | FC St. Pauli | 1:0 (1:0) | |
| 17:30 | MSV Duisburg | - | 1. FC Union Berlin | 1:2 (0:2) | ||
| 17:30 | FC Ingolstadt 04 | - | Erzgebirge Aue | 1:2 (1:1) | ||
| 17:30 | SV Sandhausen | - | Energie Cottbus | 3:1 (0:1) | ||
| 29.11.2012 | 20:15 | Hertha BSC | - | 1. FC Köln | 1:1 (1:1) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
Eintracht Braunschweig | 16 | 11 | 4 | 1 | 27:9 | 18 | 37 |
| 2 |
|
Hertha BSC | 16 | 9 | 6 | 1 | 31:13 | 18 | 33 |
| 3 |
|
1. FC Kaiserslautern | 16 | 8 | 8 | 0 | 29:17 | 12 | 32 |
| 4 |
|
Energie Cottbus | 16 | 8 | 4 | 4 | 24:17 | 7 | 28 |
| 5 |
|
TSV 1860 München | 16 | 6 | 6 | 4 | 18:14 | 4 | 24 |
|
VfR Aalen | 16 | 7 | 3 | 6 | 18:14 | 4 | 24 | |
| 7 |
|
FSV Frankfurt | 16 | 7 | 3 | 6 | 22:19 | 3 | 24 |
| 8 |
|
FC Ingolstadt 04 | 16 | 6 | 6 | 4 | 21:19 | 2 | 24 |
| 9 |
|
SC Paderborn 07 | 16 | 6 | 5 | 5 | 23:17 | 6 | 23 |
| 10 |
|
1. FC Union Berlin | 16 | 5 | 6 | 5 | 23:22 | 1 | 21 |
| 11 |
|
1. FC Köln | 16 | 5 | 6 | 5 | 19:19 | 0 | 21 |
| 12 |
|
FC St. Pauli | 16 | 4 | 6 | 6 | 17:19 | -2 | 18 |
| 13 |
|
Erzgebirge Aue | 16 | 4 | 4 | 8 | 19:26 | -7 | 16 |
| 14 |
|
Dynamo Dresden | 16 | 3 | 5 | 8 | 18:25 | -7 | 14 |
| 15 |
|
VfL Bochum | 16 | 3 | 5 | 8 | 16:31 | -15 | 14 |
| 16 |
|
SV Sandhausen | 16 | 3 | 4 | 9 | 17:34 | -17 | 13 |
| 17 |
|
MSV Duisburg | 16 | 3 | 3 | 10 | 13:30 | -17 | 12 |
| 18 |
|
Jahn Regensburg | 16 | 3 | 2 | 11 | 19:29 | -10 | 11 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
