# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 21 14 6 1 38:17 21 48
2 Hertha BSC, Deutschland Hertha BSC 21 13 7 1 43:18 25 46
3 1. FC Kaiserslautern, Deutschland 1. FC Kaiserslautern 21 10 8 3 33:21 12 38
4 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 21 8 7 6 35:30 5 31
5 Energie Cottbus, Deutschland Energie Cottbus 21 8 7 6 26:23 3 31
6 TSV 1860 München, Deutschland TSV 1860 München 21 7 9 5 24:19 5 30
7 VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 21 8 6 7 23:19 4 30
8 FSV Frankfurt, Deutschland FSV Frankfurt 21 9 3 9 29:26 3 30
9 1. FC Köln, Deutschland 1. FC Köln 21 7 9 5 24:22 2 30
10 FC Ingolstadt 04, Deutschland FC Ingolstadt 04 21 7 8 6 25:24 1 29
11 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 21 7 5 9 27:27 0 26
12 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 21 6 5 10 28:32 -4 23
13 FC St. Pauli, Deutschland FC St. Pauli 21 5 8 8 19:26 -7 23
14 MSV Duisburg, Deutschland MSV Duisburg 21 6 4 11 21:35 -14 22
15 VfL Bochum, Deutschland VfL Bochum 21 5 6 10 26:37 -11 21
16 SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 21 4 6 11 25:43 -18 18
17 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 21 3 8 10 19:32 -13 17
18 Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 21 4 4 13 25:39 -14 16
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Relegation
  Abstieg

# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga.