# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Hertha BSC, Deutschland Hertha BSC 24 15 7 2 45:19 26 52
2 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 24 15 6 3 40:20 20 51
3 1. FC Kaiserslautern, Deutschland 1. FC Kaiserslautern 24 10 10 4 33:22 11 40
4 1. FC Köln, Deutschland 1. FC Köln 24 9 10 5 28:23 5 37
5 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 24 9 8 7 39:33 6 35
6 Energie Cottbus, Deutschland Energie Cottbus 24 9 8 7 28:25 3 35
7 TSV 1860 München, Deutschland TSV 1860 München 24 8 10 6 27:22 5 34
8 FSV Frankfurt, Deutschland FSV Frankfurt 24 10 4 10 31:30 1 34
9 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 24 9 5 10 32:29 3 32
10 FC Ingolstadt 04, Deutschland FC Ingolstadt 04 24 7 11 6 28:27 1 32
11 VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 24 8 7 9 24:22 2 31
12 FC St. Pauli, Deutschland FC St. Pauli 24 7 8 9 23:27 -4 29
13 MSV Duisburg, Deutschland MSV Duisburg 24 7 6 11 24:37 -13 27
14 VfL Bochum, Deutschland VfL Bochum 24 6 8 10 29:39 -10 26
15 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 24 6 6 12 29:38 -9 24
16 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 24 5 9 10 24:34 -10 24
17 SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 24 5 6 13 30:50 -20 21
18 Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 24 4 5 15 27:44 -17 17
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Relegation
  Abstieg

# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga.