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| 05.04.2013 | 18:00 | 1. FC Kaiserslautern | - | 1. FC Köln | 3:0 (1:0) | |
| 18:00 | VfR Aalen | - | FC Ingolstadt 04 | 2:1 (1:1) | ||
| 18:00 | VfL Bochum | - | Erzgebirge Aue | 0:3 (0:3) | ||
| 06.04.2013 | 13:00 | Dynamo Dresden | - | FC St. Pauli | 3:2 (0:0) | |
| 13:00 | Jahn Regensburg | - | FSV Frankfurt | 1:4 (0:0) | ||
| 07.04.2013 | 13:30 | SC Paderborn 07 | - | 1. FC Union Berlin | 1:1 (0:1) | |
| 13:30 | TSV 1860 München | - | Energie Cottbus | 1:1 (0:0) | ||
| 13:30 | MSV Duisburg | - | SV Sandhausen | 2:1 (1:1) | ||
| 08.04.2013 | 20:15 | Hertha BSC | - | Eintracht Braunschweig | 3:0 (1:0) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
Hertha BSC | 28 | 18 | 8 | 2 | 54:21 | 33 | 62 |
| 2 |
|
Eintracht Braunschweig | 28 | 17 | 7 | 4 | 44:25 | 19 | 58 |
| 3 |
|
1. FC Kaiserslautern | 28 | 12 | 12 | 4 | 41:24 | 17 | 48 |
| 4 |
|
1. FC Köln | 28 | 12 | 10 | 6 | 35:27 | 8 | 46 |
| 5 |
|
FSV Frankfurt | 28 | 13 | 4 | 11 | 44:35 | 9 | 43 |
| 6 |
|
TSV 1860 München | 28 | 10 | 12 | 6 | 30:23 | 7 | 42 |
| 7 |
|
Energie Cottbus | 28 | 10 | 10 | 8 | 33:30 | 3 | 40 |
| 8 |
|
1. FC Union Berlin | 28 | 10 | 9 | 9 | 45:41 | 4 | 39 |
| 9 |
|
SC Paderborn 07 | 28 | 10 | 7 | 11 | 38:35 | 3 | 37 |
| 10 |
|
VfR Aalen | 28 | 9 | 9 | 10 | 30:32 | -2 | 36 |
| 11 |
|
MSV Duisburg | 28 | 10 | 6 | 12 | 31:43 | -12 | 36 |
| 12 |
|
FC Ingolstadt 04 | 28 | 8 | 11 | 9 | 31:34 | -3 | 35 |
| 13 |
|
FC St. Pauli | 28 | 8 | 9 | 11 | 32:38 | -6 | 33 |
| 14 |
|
Erzgebirge Aue | 28 | 8 | 7 | 13 | 34:40 | -6 | 31 |
| 15 |
|
Dynamo Dresden | 28 | 6 | 9 | 13 | 28:41 | -13 | 27 |
| 16 |
|
VfL Bochum | 28 | 6 | 8 | 14 | 30:47 | -17 | 26 |
| 17 |
|
SV Sandhausen | 28 | 5 | 8 | 15 | 34:56 | -22 | 23 |
| 18 |
|
Jahn Regensburg | 28 | 4 | 6 | 18 | 32:54 | -22 | 18 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
