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| 12.04.2013 | 18:00 | FC Ingolstadt 04 | - | Hertha BSC | 1:1 (1:0) | |
| 18:00 | SV Sandhausen | - | Eintracht Braunschweig | 1:3 (0:2) | ||
| 18:00 | 1. FC Union Berlin | - | Dynamo Dresden | 0:0 (0:0) | ||
| 13.04.2013 | 13:00 | FC St. Pauli | - | TSV 1860 München | 3:1 (1:0) | |
| 13:00 | FSV Frankfurt | - | MSV Duisburg | 1:1 (1:1) | ||
| 14.04.2013 | 13:30 | Energie Cottbus | - | VfL Bochum | 0:2 (0:0) | |
| 13:30 | 1. FC Köln | - | VfR Aalen | 1:0 (0:0) | ||
| 13:30 | SC Paderborn 07 | - | Jahn Regensburg | 0:0 (0:0) | ||
| 15.04.2013 | 20:15 | Erzgebirge Aue | - | 1. FC Kaiserslautern | 1:1 (0:1) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
Hertha BSC | 29 | 18 | 9 | 2 | 55:22 | 33 | 63 |
| 2 |
|
Eintracht Braunschweig | 29 | 18 | 7 | 4 | 47:26 | 21 | 61 |
| 3 |
|
1. FC Kaiserslautern | 29 | 12 | 13 | 4 | 42:25 | 17 | 49 |
| 4 |
|
1. FC Köln | 29 | 13 | 10 | 6 | 36:27 | 9 | 49 |
| 5 |
|
FSV Frankfurt | 29 | 13 | 5 | 11 | 45:36 | 9 | 44 |
| 6 |
|
TSV 1860 München | 29 | 10 | 12 | 7 | 31:26 | 5 | 42 |
| 7 |
|
1. FC Union Berlin | 29 | 10 | 10 | 9 | 45:41 | 4 | 40 |
| 8 |
|
Energie Cottbus | 29 | 10 | 10 | 9 | 33:32 | 1 | 40 |
| 9 |
|
SC Paderborn 07 | 29 | 10 | 8 | 11 | 38:35 | 3 | 38 |
| 10 |
|
MSV Duisburg | 29 | 10 | 7 | 12 | 32:44 | -12 | 37 |
| 11 |
|
FC Ingolstadt 04 | 29 | 8 | 12 | 9 | 32:35 | -3 | 36 |
| 12 |
|
VfR Aalen | 29 | 9 | 9 | 11 | 30:33 | -3 | 36 |
| 13 |
|
FC St. Pauli | 29 | 9 | 9 | 11 | 35:39 | -4 | 36 |
| 14 |
|
Erzgebirge Aue | 29 | 8 | 8 | 13 | 35:41 | -6 | 32 |
| 15 |
|
VfL Bochum | 29 | 7 | 8 | 14 | 32:47 | -15 | 29 |
| 16 |
|
Dynamo Dresden | 29 | 6 | 10 | 13 | 28:41 | -13 | 28 |
| 17 |
|
SV Sandhausen | 29 | 5 | 8 | 16 | 35:59 | -24 | 23 |
| 18 |
|
Jahn Regensburg | 29 | 4 | 7 | 18 | 32:54 | -22 | 19 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
|
# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
