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| 26.04.2013 | 18:00 | FC Ingolstadt 04 | - | Eintracht Braunschweig | 0:1 (0:0) | |
| 18:00 | SV Sandhausen | - | VfL Bochum | 0:1 (0:1) | ||
| 18:00 | 1. FC Union Berlin | - | Jahn Regensburg | 1:0 (0:0) | ||
| 27.04.2013 | 13:00 | FSV Frankfurt | - | Dynamo Dresden | 3:1 (0:0) | |
| 13:00 | Erzgebirge Aue | - | MSV Duisburg | 0:0 (0:0) | ||
| 28.04.2013 | 13:30 | FC St. Pauli | - | Hertha BSC | 2:3 (0:1) | |
| 13:30 | 1. FC Köln | - | TSV 1860 München | 1:1 (1:0) | ||
| 13:30 | SC Paderborn 07 | - | VfR Aalen | 2:2 (2:0) | ||
| 29.04.2013 | 20:15 | Energie Cottbus | - | 1. FC Kaiserslautern | 4:2 (1:0) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
Hertha BSC | 31 | 20 | 9 | 2 | 59:24 | 35 | 69 |
| 2 |
|
Eintracht Braunschweig | 31 | 19 | 8 | 4 | 49:27 | 22 | 65 |
| 3 |
|
1. FC Kaiserslautern | 31 | 13 | 13 | 5 | 47:29 | 18 | 52 |
| 4 |
|
1. FC Köln | 31 | 13 | 12 | 6 | 38:29 | 9 | 51 |
| 5 |
|
FSV Frankfurt | 31 | 15 | 5 | 11 | 50:38 | 12 | 50 |
| 6 |
|
TSV 1860 München | 31 | 10 | 13 | 8 | 33:29 | 4 | 43 |
| 7 |
|
1. FC Union Berlin | 31 | 11 | 10 | 10 | 46:44 | 2 | 43 |
| 8 |
|
Energie Cottbus | 31 | 11 | 10 | 10 | 37:35 | 2 | 43 |
| 9 |
|
VfR Aalen | 31 | 10 | 10 | 11 | 35:35 | 0 | 40 |
| 10 |
|
SC Paderborn 07 | 31 | 10 | 9 | 12 | 40:40 | 0 | 39 |
| 11 |
|
FC Ingolstadt 04 | 31 | 9 | 12 | 10 | 34:37 | -3 | 39 |
| 12 |
|
MSV Duisburg | 31 | 10 | 9 | 12 | 33:45 | -12 | 39 |
| 13 |
|
FC St. Pauli | 31 | 9 | 9 | 13 | 37:45 | -8 | 36 |
| 14 |
|
VfL Bochum | 31 | 9 | 8 | 14 | 36:47 | -11 | 35 |
| 15 |
|
Erzgebirge Aue | 31 | 8 | 10 | 13 | 36:42 | -6 | 34 |
| 16 |
|
Dynamo Dresden | 31 | 7 | 10 | 14 | 30:44 | -14 | 31 |
| 17 |
|
SV Sandhausen | 31 | 5 | 8 | 18 | 35:61 | -26 | 23 |
| 18 |
|
Jahn Regensburg | 31 | 4 | 7 | 20 | 33:57 | -24 | 19 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
