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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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1. FC Kaiserslautern | 34 | 18 | 11 | 5 | 28:12 | 16 | 65 |
| 2 |
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Eintracht Braunschweig | 34 | 16 | 11 | 7 | 23:13 | 10 | 59 |
| 3 |
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Hertha BSC | 34 | 14 | 14 | 6 | 21:7 | 14 | 56 |
| 4 |
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1. FC Köln | 34 | 13 | 13 | 8 | 17:11 | 6 | 52 |
| 5 |
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1. FC Union Berlin | 34 | 13 | 13 | 8 | 24:19 | 5 | 52 |
| 6 |
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Energie Cottbus | 34 | 13 | 11 | 10 | 18:13 | 5 | 50 |
| 7 |
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FSV Frankfurt | 34 | 12 | 12 | 10 | 21:18 | 3 | 48 |
| 8 |
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TSV 1860 München | 34 | 11 | 13 | 10 | 16:13 | 3 | 46 |
| 9 |
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VfR Aalen | 34 | 10 | 15 | 9 | 15:16 | -1 | 45 |
| 10 |
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SC Paderborn 07 | 34 | 9 | 16 | 9 | 16:15 | 1 | 43 |
| 11 |
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Jahn Regensburg | 34 | 8 | 15 | 11 | 19:21 | -2 | 39 |
| 12 |
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Dynamo Dresden | 34 | 8 | 15 | 11 | 17:20 | -3 | 39 |
| 13 |
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FC Ingolstadt 04 | 34 | 7 | 17 | 10 | 14:15 | -1 | 38 |
| 14 |
|
FC St. Pauli | 34 | 6 | 16 | 12 | 12:20 | -8 | 34 |
| 15 |
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Erzgebirge Aue | 34 | 7 | 13 | 14 | 16:26 | -10 | 34 |
| 16 |
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VfL Bochum | 34 | 7 | 12 | 15 | 13:24 | -11 | 33 |
| 17 |
|
MSV Duisburg | 34 | 5 | 17 | 12 | 12:24 | -12 | 32 |
| 18 |
|
SV Sandhausen | 34 | 6 | 12 | 16 | 17:32 | -15 | 30 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
