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| Tabelle | » Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Eintracht Braunschweig | 17 | 12 | 4 | 1 | 29:10 | 19 | 40 |
| 2 |
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Hertha BSC | 17 | 10 | 6 | 1 | 33:14 | 19 | 36 |
| 3 |
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1. FC Kaiserslautern | 17 | 8 | 8 | 1 | 29:18 | 11 | 32 |
| 4 |
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Energie Cottbus | 17 | 8 | 4 | 5 | 25:19 | 6 | 28 |
| 5 |
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TSV 1860 München | 17 | 6 | 7 | 4 | 19:15 | 4 | 25 |
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VfR Aalen | 17 | 7 | 4 | 6 | 19:15 | 4 | 25 | |
| 7 |
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1. FC Union Berlin | 17 | 6 | 6 | 5 | 25:23 | 2 | 24 |
| 8 |
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FSV Frankfurt | 17 | 7 | 3 | 7 | 23:21 | 2 | 24 |
| 9 |
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FC Ingolstadt 04 | 17 | 6 | 6 | 5 | 21:20 | 1 | 24 |
| 10 |
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1. FC Köln | 17 | 6 | 6 | 5 | 20:19 | 1 | 24 |
| 11 |
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SC Paderborn 07 | 17 | 6 | 5 | 6 | 23:19 | 4 | 23 |
| 12 |
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FC St. Pauli | 17 | 5 | 6 | 6 | 18:19 | -1 | 21 |
| 13 |
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Erzgebirge Aue | 17 | 4 | 5 | 8 | 21:28 | -7 | 17 |
| 14 |
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Dynamo Dresden | 17 | 3 | 6 | 8 | 18:25 | -7 | 15 |
| 15 |
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MSV Duisburg | 17 | 4 | 3 | 10 | 15:30 | -15 | 15 |
| 16 |
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VfL Bochum | 17 | 3 | 5 | 9 | 17:33 | -16 | 14 |
| 17 |
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SV Sandhausen | 17 | 3 | 5 | 9 | 19:36 | -17 | 14 |
| 18 |
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Jahn Regensburg | 17 | 3 | 3 | 11 | 19:29 | -10 | 12 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
