# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Hertha BSC, Deutschland Hertha BSC 17 12 4 1 32:14 18 40
2 1. FC Köln, Deutschland 1. FC Köln 17 8 6 3 23:14 9 30
3 FSV Frankfurt, Deutschland FSV Frankfurt 17 9 3 5 32:24 8 30
4 MSV Duisburg, Deutschland MSV Duisburg 17 7 7 3 22:19 3 28
5 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 17 7 6 4 23:24 -1 27
6 1. FC Kaiserslautern, Deutschland 1. FC Kaiserslautern 17 7 5 5 26:15 11 26
7 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 17 7 4 6 25:26 -1 25
8 VfL Bochum, Deutschland VfL Bochum 17 7 3 7 23:19 4 24
9 TSV 1860 München, Deutschland TSV 1860 München 17 6 6 5 20:16 4 24
10 FC St. Pauli, Deutschland FC St. Pauli 17 6 4 7 26:28 -2 22
11 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 17 6 4 7 17:24 -7 22
12 VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 17 5 6 6 21:24 -3 21
13 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 17 5 5 7 18:18 0 20
14 Energie Cottbus, Deutschland Energie Cottbus 17 4 8 5 16:17 -1 20
15 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 17 5 4 8 22:26 -4 19
16 FC Ingolstadt 04, Deutschland FC Ingolstadt 04 17 4 6 7 15:23 -8 18
17 SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 17 3 3 11 19:30 -11 12
18 Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 17 1 4 12 17:36 -19 7
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Relegation
  Abstieg

# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga.