# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 1 1 0 0 2:0 2 3
2 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 1 1 0 0 2:1 1 3
3 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 1 1 0 0 1:0 1 3
  Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 1 1 0 0 1:0 1 3
  FC Carl Zeiss Jena, Deutschland FC Carl Zeiss Jena 1 1 0 0 1:0 1 3
  Kickers Emden, Deutschland Kickers Emden 1 1 0 0 1:0 1 3
  SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 1 1 0 0 1:0 1 3
  VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 1 1 0 0 1:0 1 3
9 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 1 0 1 0 0:0 0 1
  Bayern München II, Deutschland Bayern München II 1 0 1 0 0:0 0 1
  SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 1 0 1 0 0:0 0 1
  Werder Bremen II, Deutschland Werder Bremen II 1 0 1 0 0:0 0 1
13 Fortuna Düsseldorf, Deutschland Fortuna Düsseldorf 1 0 0 1 1:2 -1 0
14 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 1 0 0 1 0:1 -1 0
  Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 1 0 0 1 0:1 -1 0
  Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 1 0 0 1 0:1 -1 0
  Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 1 0 0 1 0:1 -1 0
  VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 1 0 0 1 0:1 -1 0
  Wuppertaler SV, Deutschland Wuppertaler SV 1 0 0 1 0:1 -1 0
20 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 1 0 0 1 0:2 -2 0
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen.

# Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten.