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| 14.11.2008 | 19:30 | 1. FC Union Berlin | - | SV Sandhausen | 2:2 (1:0) | |
| 15.11.2008 | 14:00 | Bayern München II | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:0 (0:0) | |
| 14:00 | VfR Aalen | - | Werder Bremen II | 1:0 (0:0) | ||
| 14:00 | FC Carl Zeiss Jena | - | SC Paderborn 07 | 2:4 (1:3) | ||
| 14:00 | Eintracht Braunschweig | - | Stuttgarter Kickers | 1:1 (1:1) | ||
| 14:00 | Dynamo Dresden | - | Fortuna Düsseldorf | 0:2 (0:0) | ||
| 14:00 | Wuppertaler SV | - | SpVgg Unterhaching | 2:4 (1:2) | ||
| 14:00 | Kickers Offenbach | - | Jahn Regensburg | 1:1 (1:0) | ||
| 16.11.2008 | 14:00 | VfB Stuttgart II | - | Erzgebirge Aue | 3:0 (3:0) | |
| 14:00 | Wacker Burghausen | - | Kickers Emden | 3:1 (0:0) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
SC Paderborn 07 | 15 | 10 | 2 | 3 | 29:17 | 12 | 32 |
| 2 |
|
Kickers Emden | 15 | 9 | 4 | 2 | 22:12 | 10 | 31 |
| 3 |
|
Fortuna Düsseldorf | 15 | 9 | 2 | 4 | 25:11 | 14 | 29 |
| 4 |
|
1. FC Union Berlin | 15 | 8 | 5 | 2 | 26:14 | 12 | 29 |
| 5 |
|
Kickers Offenbach | 15 | 6 | 6 | 3 | 21:15 | 6 | 24 |
| 6 |
|
Bayern München II | 15 | 5 | 9 | 1 | 21:17 | 4 | 24 |
| 7 |
|
VfB Stuttgart II | 15 | 6 | 5 | 4 | 31:21 | 10 | 23 |
| 8 |
|
SpVgg Unterhaching | 15 | 6 | 5 | 4 | 20:20 | 0 | 23 |
| 9 |
|
SV Sandhausen | 15 | 6 | 4 | 5 | 27:23 | 4 | 22 |
| 10 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 15 | 7 | 1 | 7 | 23:19 | 4 | 22 |
| 11 |
|
VfR Aalen | 15 | 3 | 9 | 3 | 11:15 | -4 | 18 |
| 12 |
|
Eintracht Braunschweig | 15 | 4 | 5 | 6 | 17:18 | -1 | 17 |
| 13 |
|
Erzgebirge Aue | 15 | 4 | 5 | 6 | 20:22 | -2 | 17 |
| 14 |
|
Dynamo Dresden | 15 | 4 | 4 | 7 | 12:17 | -5 | 16 |
| 15 |
|
Wuppertaler SV | 15 | 4 | 4 | 7 | 17:24 | -7 | 16 |
| 16 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 15 | 3 | 6 | 6 | 18:27 | -9 | 15 |
| 17 |
|
Wacker Burghausen | 15 | 4 | 2 | 9 | 20:33 | -13 | 14 |
| 18 |
|
Jahn Regensburg | 15 | 2 | 6 | 7 | 15:28 | -13 | 12 |
| 19 |
|
Werder Bremen II | 15 | 2 | 3 | 10 | 17:27 | -10 | 9 |
| 20 |
|
Stuttgarter Kickers | 15 | 1 | 7 | 7 | 20:32 | -12 | 7 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
