# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Kickers Emden, Deutschland Kickers Emden 2 2 0 0 3:1 2 6
2 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 2 1 1 0 5:2 3 4
3 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 2 1 1 0 4:1 3 4
4 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 2 1 1 0 3:1 2 4
  Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 2 1 1 0 3:1 2 4
6 FC Carl Zeiss Jena, Deutschland FC Carl Zeiss Jena 2 1 1 0 5:4 1 4
7 Bayern München II, Deutschland Bayern München II 2 1 1 0 4:3 1 4
8 VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 2 1 1 0 3:2 1 4
9 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 2 1 0 1 4:3 1 3
10 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 2 1 0 1 2:2 0 3
  Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 2 1 0 1 2:2 0 3
12 Fortuna Düsseldorf, Deutschland Fortuna Düsseldorf 2 1 0 1 3:4 -1 3
13 Werder Bremen II, Deutschland Werder Bremen II 2 1 0 1 4:6 -2 3
14 Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 2 0 2 0 3:3 0 2
15 Wuppertaler SV, Deutschland Wuppertaler SV 2 0 1 1 2:3 -1 1
16 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 2 0 1 1 1:2 -1 1
17 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 2 0 1 1 2:4 -2 1
18 SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 2 0 0 2 4:6 -2 0
19 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 2 0 0 2 2:5 -3 0
20 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 2 0 0 2 0:4 -4 -3
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen.

# Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten.