# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 21 12 7 2 36:15 21 43
2 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 21 13 3 5 39:23 16 42
3 Kickers Emden, Deutschland Kickers Emden 21 11 6 4 29:19 10 39
4 Fortuna Düsseldorf, Deutschland Fortuna Düsseldorf 21 11 4 6 30:16 14 37
5 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 21 10 5 6 28:28 0 35
6 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 21 10 4 7 30:22 8 34
7 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 21 8 9 4 27:18 9 33
8 Bayern München II, Deutschland Bayern München II 21 7 12 2 26:20 6 33
9 SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 21 7 7 7 32:29 3 28
10 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 21 7 6 8 35:29 6 27
11 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 21 7 6 8 30:29 1 27
12 FC Carl Zeiss Jena, Deutschland FC Carl Zeiss Jena 21 6 7 8 24:33 -9 25
13 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 21 6 6 9 25:26 -1 24
14 VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 21 4 11 6 17:25 -8 23
15 Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 21 5 8 8 20:30 -10 23
16 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 21 5 7 9 19:25 -6 22
17 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 21 5 6 10 24:38 -14 21
18 Wuppertaler SV, Deutschland Wuppertaler SV 21 4 6 11 18:33 -15 18
19 Werder Bremen II, Deutschland Werder Bremen II 21 4 4 13 27:38 -11 16
20 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 21 2 8 11 24:44 -20 11
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen.

# Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten.