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| 06.03.2009 | 19:00 | Kickers Emden | - | Werder Bremen II | 3:1 (2:0) | |
| 07.03.2009 | 14:00 | Kickers Offenbach | - | Eintracht Braunschweig | 2:0 (1:0) | |
| 14:00 | Wacker Burghausen | - | Wuppertaler SV | 2:0 (0:0) | ||
| 14:00 | SV Sandhausen | - | SpVgg Unterhaching | 3:1 (2:0) | ||
| 14:00 | Jahn Regensburg | - | Fortuna Düsseldorf | 1:2 (0:1) | ||
| 14:00 | Erzgebirge Aue | - | Stuttgarter Kickers | 0:2 (0:0) | ||
| 14:00 | Rot-Weiß Erfurt | - | SC Paderborn 07 | 1:4 (1:1) | ||
| 08.03.2009 | 14:00 | VfB Stuttgart II | - | FC Carl Zeiss Jena | 3:0 (1:0) | |
| 14:00 | 1. FC Union Berlin | - | Dynamo Dresden | 2:1 (1:1) | ||
| 25.03.2009 | 19:00 | Bayern München II | - | VfR Aalen | 4:0 (0:0) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
1. FC Union Berlin | 25 | 15 | 8 | 2 | 40:16 | 24 | 53 |
| 2 |
|
SC Paderborn 07 | 25 | 15 | 4 | 6 | 48:26 | 22 | 49 |
| 3 |
|
Fortuna Düsseldorf | 25 | 14 | 4 | 7 | 39:22 | 17 | 46 |
| 4 |
|
Kickers Emden | 25 | 13 | 7 | 5 | 36:23 | 13 | 46 |
| 5 |
|
Bayern München II | 25 | 9 | 12 | 4 | 34:24 | 10 | 39 |
| 6 |
|
SpVgg Unterhaching | 25 | 11 | 5 | 9 | 32:36 | -4 | 38 |
| 7 |
|
Kickers Offenbach | 25 | 9 | 10 | 6 | 31:22 | 9 | 37 |
| 8 |
|
SV Sandhausen | 25 | 10 | 7 | 8 | 41:34 | 7 | 37 |
| 9 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 25 | 10 | 6 | 9 | 33:29 | 4 | 36 |
| 10 |
|
VfB Stuttgart II | 25 | 9 | 6 | 10 | 40:33 | 7 | 33 |
| 11 |
|
Eintracht Braunschweig | 25 | 9 | 6 | 10 | 30:29 | 1 | 33 |
| 12 |
|
Erzgebirge Aue | 25 | 7 | 8 | 10 | 30:32 | -2 | 29 |
| 13 |
|
Wacker Burghausen | 25 | 7 | 7 | 11 | 29:41 | -12 | 28 |
| 14 |
|
Dynamo Dresden | 25 | 6 | 8 | 11 | 24:32 | -8 | 26 |
| 15 |
|
VfR Aalen | 25 | 4 | 14 | 7 | 17:29 | -12 | 26 |
| 16 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 25 | 6 | 8 | 11 | 26:42 | -16 | 26 |
| 17 |
|
Jahn Regensburg | 25 | 5 | 10 | 10 | 24:39 | -15 | 25 |
| 18 |
|
Wuppertaler SV | 25 | 6 | 6 | 13 | 22:37 | -15 | 24 |
| 19 |
|
Werder Bremen II | 25 | 6 | 5 | 14 | 33:44 | -11 | 23 |
| 20 |
|
Stuttgarter Kickers | 25 | 4 | 9 | 12 | 29:48 | -19 | 18 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
