# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 26 16 8 2 42:16 26 56
2 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 26 16 4 6 50:26 24 52
3 Fortuna Düsseldorf, Deutschland Fortuna Düsseldorf 26 14 5 7 39:22 17 47
4 Kickers Emden, Deutschland Kickers Emden 26 13 7 6 36:25 11 46
5 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 26 12 5 9 33:36 -3 41
6 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 26 10 10 6 33:22 11 40
7 Bayern München II, Deutschland Bayern München II 26 9 13 4 34:24 10 40
8 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 26 11 6 9 35:30 5 39
9 SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 26 10 8 8 42:35 7 38
10 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 26 9 6 11 41:35 6 33
11 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 26 9 6 11 30:31 -1 33
12 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 26 7 9 10 30:32 -2 30
13 VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 26 5 14 7 19:30 -11 29
14 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 26 7 8 11 30:42 -12 29
15 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 26 6 9 11 25:33 -8 27
16 FC Carl Zeiss Jena, Deutschland FC Carl Zeiss Jena 26 6 8 12 26:44 -18 26
17 Wuppertaler SV, Deutschland Wuppertaler SV 26 6 7 13 23:38 -15 25
18 Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 26 5 10 11 24:40 -16 25
19 Werder Bremen II, Deutschland Werder Bremen II 26 6 6 14 33:44 -11 24
20 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 26 4 9 13 30:50 -20 18
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen.

# Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten.