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| 31.03.2009 | 17:30 | Dynamo Dresden | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:0 (0:0) | |
| 19:00 | Wacker Burghausen | - | Eintracht Braunschweig | 0:2 (0:1) | ||
| 19:00 | Erzgebirge Aue | - | Jahn Regensburg | 1:0 (1:0) | ||
| 19:00 | Rot-Weiß Erfurt | - | SV Sandhausen | 1:1 (0:0) | ||
| 19:00 | Kickers Emden | - | SpVgg Unterhaching | 0:4 (0:3) | ||
| 01.04.2009 | 18:00 | Bayern München II | - | Fortuna Düsseldorf | 0:1 (0:0) | |
| 18:00 | VfB Stuttgart II | - | Stuttgarter Kickers | 3:0 (2:0) | ||
| 18:30 | Wuppertaler SV | - | VfR Aalen | 5:0 (4:0) | ||
| 18:30 | Kickers Offenbach | - | SC Paderborn 07 | 0:0 (0:0) | ||
| 19:30 | 1. FC Union Berlin | - | Werder Bremen II | 0:0 (0:0) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
1. FC Union Berlin | 29 | 18 | 9 | 2 | 47:17 | 30 | 63 |
| 2 |
|
SC Paderborn 07 | 29 | 16 | 6 | 7 | 52:29 | 23 | 54 |
| 3 |
|
Fortuna Düsseldorf | 29 | 15 | 6 | 8 | 41:25 | 16 | 51 |
| 4 |
|
SpVgg Unterhaching | 29 | 14 | 6 | 9 | 42:37 | 5 | 48 |
| 5 |
|
Kickers Emden | 29 | 13 | 8 | 8 | 37:31 | 6 | 47 |
| 6 |
|
Bayern München II | 29 | 10 | 14 | 5 | 36:26 | 10 | 44 |
|
Kickers Offenbach | 29 | 11 | 11 | 7 | 36:26 | 10 | 44 | |
| 8 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 29 | 12 | 7 | 10 | 38:35 | 3 | 43 |
| 9 |
|
VfB Stuttgart II | 29 | 11 | 7 | 11 | 47:36 | 11 | 40 |
| 10 |
|
SV Sandhausen | 29 | 10 | 9 | 10 | 44:40 | 4 | 39 |
| 11 |
|
Erzgebirge Aue | 29 | 9 | 10 | 10 | 34:33 | 1 | 37 |
| 12 |
|
Eintracht Braunschweig | 29 | 10 | 6 | 13 | 32:33 | -1 | 36 |
| 13 |
|
Dynamo Dresden | 29 | 9 | 9 | 11 | 31:33 | -2 | 36 |
| 14 |
|
Wuppertaler SV | 29 | 8 | 8 | 13 | 29:38 | -9 | 32 |
| 15 |
|
Jahn Regensburg | 29 | 7 | 10 | 12 | 27:42 | -15 | 31 |
| 16 |
|
Wacker Burghausen | 29 | 7 | 8 | 14 | 30:48 | -18 | 29 |
| 17 |
|
VfR Aalen | 29 | 5 | 14 | 10 | 21:41 | -20 | 29 |
| 18 |
|
Werder Bremen II | 29 | 7 | 7 | 15 | 36:47 | -11 | 28 |
| 19 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 29 | 6 | 9 | 14 | 26:47 | -21 | 27 |
| 20 |
|
Stuttgarter Kickers | 29 | 5 | 10 | 14 | 31:53 | -22 | 22 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
