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| 04.04.2009 | 14:00 | SpVgg Unterhaching | - | Bayern München II | 2:1 (1:0) | |
| 14:00 | Fortuna Düsseldorf | - | VfB Stuttgart II | 1:1 (1:0) | ||
| 14:00 | Erzgebirge Aue | - | Wacker Burghausen | 2:0 (0:0) | ||
| 05.04.2009 | 14:00 | SV Sandhausen | - | Kickers Emden | 2:1 (1:1) | |
| 14:00 | SC Paderborn 07 | - | 1. FC Union Berlin | 0:0 (0:0) | ||
| 07.04.2009 | 19:00 | Jahn Regensburg | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:0 (0:0) | |
| 19:00 | FC Carl Zeiss Jena | - | Eintracht Braunschweig | 2:0 (0:0) | ||
| 19:00 | VfR Aalen | - | Dynamo Dresden | 4:3 (3:3) | ||
| 19:00 | Werder Bremen II | - | Wuppertaler SV | 1:1 (0:0) | ||
| 19:00 | Stuttgarter Kickers | - | Kickers Offenbach | 0:1 (0:0) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
1. FC Union Berlin | 30 | 18 | 10 | 2 | 47:17 | 30 | 64 |
| 2 |
|
SC Paderborn 07 | 30 | 16 | 7 | 7 | 52:29 | 23 | 55 |
| 3 |
|
Fortuna Düsseldorf | 30 | 15 | 7 | 8 | 42:26 | 16 | 52 |
| 4 |
|
SpVgg Unterhaching | 30 | 15 | 6 | 9 | 44:38 | 6 | 51 |
| 5 |
|
Kickers Offenbach | 30 | 12 | 11 | 7 | 37:26 | 11 | 47 |
| 6 |
|
Kickers Emden | 30 | 13 | 8 | 9 | 38:33 | 5 | 47 |
| 7 |
|
Bayern München II | 30 | 10 | 14 | 6 | 37:28 | 9 | 44 |
| 8 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 30 | 12 | 7 | 11 | 38:36 | 2 | 43 |
| 9 |
|
SV Sandhausen | 30 | 11 | 9 | 10 | 46:41 | 5 | 42 |
| 10 |
|
VfB Stuttgart II | 30 | 11 | 8 | 11 | 48:37 | 11 | 41 |
| 11 |
|
Erzgebirge Aue | 30 | 10 | 10 | 10 | 36:33 | 3 | 40 |
| 12 |
|
Dynamo Dresden | 30 | 9 | 9 | 12 | 34:37 | -3 | 36 |
| 13 |
|
Eintracht Braunschweig | 30 | 10 | 6 | 14 | 32:35 | -3 | 36 |
| 14 |
|
Jahn Regensburg | 30 | 8 | 10 | 12 | 28:42 | -14 | 34 |
| 15 |
|
Wuppertaler SV | 30 | 8 | 9 | 13 | 30:39 | -9 | 33 |
| 16 |
|
VfR Aalen | 30 | 6 | 14 | 10 | 25:44 | -19 | 32 |
| 17 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 30 | 7 | 9 | 14 | 28:47 | -19 | 30 |
| 18 |
|
Werder Bremen II | 30 | 7 | 8 | 15 | 37:48 | -11 | 29 |
| 19 |
|
Wacker Burghausen | 30 | 7 | 8 | 15 | 30:50 | -20 | 29 |
| 20 |
|
Stuttgarter Kickers | 30 | 5 | 10 | 15 | 31:54 | -23 | 22 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
