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| 11.04.2009 | 14:00 | Dynamo Dresden | - | Werder Bremen II | 2:1 (1:1) | |
| 14:00 | Eintracht Braunschweig | - | VfR Aalen | 2:0 (0:0) | ||
| 14:00 | Wacker Burghausen | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:2 (0:1) | ||
| 14:00 | Rot-Weiß Erfurt | - | Erzgebirge Aue | 2:0 (1:0) | ||
| 14:00 | Kickers Emden | - | Jahn Regensburg | 0:0 (0:0) | ||
| 14:00 | VfB Stuttgart II | - | SpVgg Unterhaching | 1:3 (0:1) | ||
| 14:00 | Kickers Offenbach | - | Fortuna Düsseldorf | 0:2 (0:0) | ||
| 14:00 | Wuppertaler SV | - | SC Paderborn 07 | 0:1 (0:1) | ||
| 12.04.2009 | 14:00 | Bayern München II | - | SV Sandhausen | 2:1 (0:0) | |
| 14:00 | 1. FC Union Berlin | - | Stuttgarter Kickers | 5:1 (2:0) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
1. FC Union Berlin | 31 | 19 | 10 | 2 | 52:18 | 34 | 67 |
| 2 |
|
SC Paderborn 07 | 31 | 17 | 7 | 7 | 53:29 | 24 | 58 |
| 3 |
|
Fortuna Düsseldorf | 31 | 16 | 7 | 8 | 44:26 | 18 | 55 |
| 4 |
|
SpVgg Unterhaching | 31 | 16 | 6 | 9 | 47:39 | 8 | 54 |
| 5 |
|
Kickers Emden | 31 | 13 | 9 | 9 | 38:33 | 5 | 48 |
| 6 |
|
Bayern München II | 31 | 11 | 14 | 6 | 39:29 | 10 | 47 |
| 7 |
|
Kickers Offenbach | 31 | 12 | 11 | 8 | 37:28 | 9 | 47 |
| 8 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 31 | 13 | 7 | 11 | 40:36 | 4 | 46 |
| 9 |
|
SV Sandhausen | 31 | 11 | 9 | 11 | 47:43 | 4 | 42 |
| 10 |
|
VfB Stuttgart II | 31 | 11 | 8 | 12 | 49:40 | 9 | 41 |
| 11 |
|
Erzgebirge Aue | 31 | 10 | 10 | 11 | 36:35 | 1 | 40 |
| 12 |
|
Eintracht Braunschweig | 31 | 11 | 6 | 14 | 34:35 | -1 | 39 |
| 13 |
|
Dynamo Dresden | 31 | 10 | 9 | 12 | 36:38 | -2 | 39 |
| 14 |
|
Jahn Regensburg | 31 | 8 | 11 | 12 | 28:42 | -14 | 35 |
| 15 |
|
Wuppertaler SV | 31 | 8 | 9 | 14 | 30:40 | -10 | 33 |
| 16 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 31 | 8 | 9 | 14 | 30:47 | -17 | 33 |
| 17 |
|
VfR Aalen | 31 | 6 | 14 | 11 | 25:46 | -21 | 32 |
| 18 |
|
Werder Bremen II | 31 | 7 | 8 | 16 | 38:50 | -12 | 29 |
| 19 |
|
Wacker Burghausen | 31 | 7 | 8 | 16 | 30:52 | -22 | 29 |
| 20 |
|
Stuttgarter Kickers | 31 | 5 | 10 | 16 | 32:59 | -27 | 22 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
