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| 12.05.2009 | 18:30 | Erzgebirge Aue | - | 1. FC Union Berlin | 0:1 (0:0) | |
| 19:00 | SC Paderborn 07 | - | Werder Bremen II | 0:2 (0:2) | ||
| 19:00 | Stuttgarter Kickers | - | VfR Aalen | 1:4 (0:1) | ||
| 19:00 | Jahn Regensburg | - | Wuppertaler SV | 2:0 (1:0) | ||
| 13.05.2009 | 18:30 | SV Sandhausen | - | Dynamo Dresden | 2:2 (1:1) | |
| 18:30 | Rot-Weiß Erfurt | - | Kickers Offenbach | 1:1 (0:1) | ||
| 19:00 | SpVgg Unterhaching | - | Eintracht Braunschweig | 2:0 (2:0) | ||
| 19:00 | Kickers Emden | - | VfB Stuttgart II | 2:1 (1:1) | ||
| 19:00 | Fortuna Düsseldorf | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:0 (0:0) | ||
| 19:00 | Bayern München II | - | Wacker Burghausen | 3:1 (0:0) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
1. FC Union Berlin | 36 | 22 | 11 | 3 | 56:19 | 37 | 77 |
| 2 |
|
SpVgg Unterhaching | 36 | 19 | 7 | 10 | 52:41 | 11 | 64 |
| 3 |
|
Fortuna Düsseldorf | 36 | 18 | 9 | 9 | 51:32 | 19 | 63 |
| 4 |
|
SC Paderborn 07 | 36 | 18 | 8 | 10 | 59:38 | 21 | 62 |
| 5 |
|
Bayern München II | 36 | 14 | 15 | 7 | 51:35 | 16 | 57 |
| 6 |
|
Kickers Emden | 36 | 15 | 10 | 11 | 42:42 | 0 | 55 |
| 7 |
|
Kickers Offenbach | 36 | 12 | 14 | 10 | 39:34 | 5 | 50 |
| 8 |
|
VfB Stuttgart II | 36 | 13 | 9 | 14 | 58:46 | 12 | 48 |
| 9 |
|
SV Sandhausen | 36 | 12 | 12 | 12 | 53:47 | 6 | 48 |
| 10 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 36 | 13 | 9 | 14 | 43:45 | -2 | 48 |
| 11 |
|
Erzgebirge Aue | 36 | 12 | 11 | 13 | 42:41 | 1 | 47 |
| 12 |
|
Dynamo Dresden | 36 | 12 | 10 | 14 | 42:44 | -2 | 46 |
| 13 |
|
Eintracht Braunschweig | 36 | 12 | 8 | 16 | 43:46 | -3 | 44 |
| 14 |
|
Jahn Regensburg | 36 | 10 | 12 | 14 | 34:48 | -14 | 42 |
| 15 |
|
Wuppertaler SV | 36 | 10 | 11 | 15 | 33:43 | -10 | 41 |
| 16 |
|
VfR Aalen | 36 | 8 | 15 | 13 | 36:56 | -20 | 39 |
| 17 |
|
Werder Bremen II | 36 | 9 | 10 | 17 | 47:57 | -10 | 37 |
| 18 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 36 | 9 | 10 | 17 | 35:54 | -19 | 37 |
| 19 |
|
Wacker Burghausen | 36 | 9 | 10 | 17 | 38:58 | -20 | 37 |
| 20 |
|
Stuttgarter Kickers | 36 | 7 | 11 | 18 | 38:66 | -28 | 29 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
