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| 29.08.2008 | 19:00 | Bayern München II | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:1 (2:0) | |
| 30.08.2008 | 14:00 | Rot-Weiß Erfurt | - | Werder Bremen II | 3:1 (2:0) | |
| 14:00 | Erzgebirge Aue | - | SC Paderborn 07 | 0:2 (0:1) | ||
| 14:00 | Jahn Regensburg | - | Stuttgarter Kickers | 1:1 (0:0) | ||
| 14:00 | 1. FC Union Berlin | - | Wuppertaler SV | 0:0 (0:0) | ||
| 14:00 | Kickers Offenbach | - | Dynamo Dresden | 2:2 (1:0) | ||
| 14:00 | VfB Stuttgart II | - | Eintracht Braunschweig | 4:0 (1:0) | ||
| 14:00 | Wacker Burghausen | - | SpVgg Unterhaching | 5:1 (2:1) | ||
| 31.08.2008 | 14:00 | Kickers Emden | - | VfR Aalen | 5:2 (4:1) | |
| 14:00 | SV Sandhausen | - | Fortuna Düsseldorf | 2:0 (0:0) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
Kickers Emden | 5 | 4 | 1 | 0 | 10:4 | 6 | 13 |
| 2 |
|
Bayern München II | 5 | 4 | 1 | 0 | 8:4 | 4 | 13 |
| 3 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 5 | 3 | 1 | 1 | 8:4 | 4 | 10 |
| 4 |
|
SC Paderborn 07 | 5 | 3 | 1 | 1 | 10:7 | 3 | 10 |
| 5 |
|
SV Sandhausen | 5 | 3 | 0 | 2 | 11:6 | 5 | 9 |
| 6 |
|
1. FC Union Berlin | 5 | 2 | 2 | 1 | 9:4 | 5 | 8 |
| 7 |
|
SpVgg Unterhaching | 5 | 2 | 2 | 1 | 7:6 | 1 | 8 |
| 8 |
|
VfB Stuttgart II | 5 | 2 | 1 | 2 | 8:5 | 3 | 7 |
| 9 |
|
Fortuna Düsseldorf | 5 | 2 | 1 | 2 | 7:6 | 1 | 7 |
| 10 |
|
Dynamo Dresden | 5 | 2 | 1 | 2 | 5:5 | 0 | 7 |
| 11 |
|
Kickers Offenbach | 5 | 1 | 3 | 1 | 7:6 | 1 | 6 |
| 12 |
|
Jahn Regensburg | 5 | 1 | 3 | 1 | 6:7 | -1 | 6 |
| 13 |
|
Werder Bremen II | 5 | 2 | 0 | 3 | 9:12 | -3 | 6 |
| 14 |
|
Wacker Burghausen | 5 | 2 | 0 | 3 | 7:11 | -4 | 6 |
| 15 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 5 | 1 | 2 | 2 | 8:9 | -1 | 5 |
| 16 |
|
Wuppertaler SV | 5 | 1 | 2 | 2 | 4:6 | -2 | 5 |
| 17 |
|
VfR Aalen | 5 | 1 | 2 | 2 | 5:9 | -4 | 5 |
| 18 |
|
Eintracht Braunschweig | 5 | 1 | 1 | 3 | 3:7 | -4 | 4 |
| 19 |
|
Erzgebirge Aue | 5 | 0 | 1 | 4 | 4:11 | -7 | 1 |
| 20 |
|
Stuttgarter Kickers | 5 | 0 | 1 | 4 | 1:8 | -7 | -2 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
