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| 27.10.2012 | 14:00 | Wacker Burghausen | - | VfB Stuttgart II | 1:3 (0:0) | |
| 14:00 | VfL Osnabrück | - | Hallescher FC | 2:0 (0:0) | ||
| 14:00 | Karlsruher SC | - | Preußen Münster | 2:1 (1:0) | ||
| 14:00 | Kickers Offenbach | - | Chemnitzer FC | 0:0 (0:0) | ||
| 14:00 | 1. FC Saarbrücken | - | SV Darmstadt 98 | 3:1 (2:1) | ||
| 14:00 | Borussia Dortmund II | - | Hansa Rostock | 0:0 (0:0) | ||
| 14:00 | Alemannia Aachen | - | SV Wehen Wiesbaden | 1:1 (0:0) | ||
| 14:00 | Arminia Bielefeld | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 1:0 (1:0) | ||
| 13.11.2012 | 19:00 | Stuttgarter Kickers | - | SpVgg Unterhaching | 0:0 (0:0) | |
| 19:00 | Rot-Weiß Erfurt | - | SV Babelsberg 03 | 1:1 (0:1) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
VfL Osnabrück | 15 | 10 | 2 | 3 | 23:10 | 13 | 32 |
| 2 |
|
Arminia Bielefeld | 15 | 9 | 3 | 3 | 22:14 | 8 | 30 |
| 3 |
|
Preußen Münster | 15 | 8 | 5 | 2 | 26:12 | 14 | 29 |
| 4 |
|
SpVgg Unterhaching | 15 | 8 | 4 | 3 | 26:20 | 6 | 28 |
| 5 |
|
Wacker Burghausen | 15 | 8 | 1 | 6 | 22:18 | 4 | 25 |
| 6 |
|
Hansa Rostock | 15 | 7 | 4 | 4 | 18:18 | 0 | 25 |
| 7 |
|
1. FC Heidenheim 1846 | 15 | 7 | 3 | 5 | 26:23 | 3 | 24 |
| 8 |
|
Karlsruher SC | 15 | 5 | 7 | 3 | 18:10 | 8 | 22 |
| 9 |
|
Chemnitzer FC | 15 | 6 | 4 | 5 | 19:16 | 3 | 22 |
| 10 |
|
Kickers Offenbach | 15 | 6 | 5 | 4 | 26:18 | 8 | 21 |
| 11 |
|
VfB Stuttgart II | 15 | 6 | 3 | 6 | 20:18 | 2 | 21 |
| 12 |
|
1. FC Saarbrücken | 15 | 6 | 2 | 7 | 20:24 | -4 | 20 |
| 13 |
|
Stuttgarter Kickers | 15 | 4 | 4 | 7 | 18:17 | 1 | 16 |
| 14 |
|
SV Wehen Wiesbaden | 15 | 1 | 11 | 3 | 16:18 | -2 | 14 |
| 15 |
|
Hallescher FC | 15 | 3 | 5 | 7 | 11:20 | -9 | 14 |
| 16 |
|
SV Babelsberg 03 | 15 | 3 | 4 | 8 | 12:22 | -10 | 13 |
| 17 |
|
SV Darmstadt 98 | 15 | 2 | 5 | 8 | 14:24 | -10 | 11 |
| 18 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 15 | 2 | 5 | 8 | 14:28 | -14 | 11 |
| 19 |
|
Borussia Dortmund II | 15 | 2 | 5 | 8 | 12:27 | -15 | 11 |
| 20 |
|
Alemannia Aachen | 15 | 3 | 6 | 6 | 16:22 | -6 | 10 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
|
# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
