# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Preußen Münster, Deutschland Preußen Münster 2 2 0 0 3:0 3 6
  VfL Osnabrück, Deutschland VfL Osnabrück 2 2 0 0 3:0 3 6
3 1. FC Heidenheim 1846, Deutschland 1. FC Heidenheim 1846 2 1 1 0 6:2 4 4
4 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 2 1 1 0 3:0 3 4
5 SV Wehen Wiesbaden, Deutschland SV Wehen Wiesbaden 2 1 1 0 3:1 2 4
6 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 2 1 1 0 1:0 1 4
7 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 2 1 0 1 3:2 1 3
8 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 2 1 0 1 2:1 1 3
9 1. FC Saarbrücken, Deutschland 1. FC Saarbrücken 2 1 0 1 1:1 0 3
  Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 2 1 0 1 1:1 0 3
11 Hansa Rostock, Deutschland Hansa Rostock 2 1 0 1 2:4 -2 3
12 Arminia Bielefeld, Deutschland Arminia Bielefeld 2 0 2 0 2:2 0 2
  Karlsruher SC, Deutschland Karlsruher SC 2 0 2 0 2:2 0 2
14 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 2 0 1 1 1:2 -1 1
15 Borussia Dortmund II, Deutschland Borussia Dortmund II 2 0 1 1 1:3 -2 1
16 SV Darmstadt 98, Deutschland SV Darmstadt 98 2 0 1 1 0:2 -2 1
17 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 2 0 0 2 2:5 -3 0
18 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 2 0 0 2 1:7 -6 0
19 Alemannia Aachen, Deutschland Alemannia Aachen 2 1 1 0 4:3 1 -1
20 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 2 0 0 2 1:4 -3 -2
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Abstieg

# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen.

# Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft.

# Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart.