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| 25.01.2013 | 19:00 | Arminia Bielefeld | - | Kickers Offenbach | 3:1 (1:1) | |
| 26.01.2013 | 14:00 | SV Wehen Wiesbaden | - | SV Babelsberg 03 | 1:0 (1:0) | |
| 14:00 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | SpVgg Unterhaching | 2:1 (2:0) | ||
| 14:00 | Hallescher FC | - | Stuttgarter Kickers | 1:1 (1:1) | ||
| 14:00 | VfL Osnabrück | - | Karlsruher SC | 2:3 (0:2) | ||
| 14:00 | Alemannia Aachen | - | 1. FC Saarbrücken | 2:0 (1:0) | ||
| 14:00 | Wacker Burghausen | - | Borussia Dortmund II | 2:2 (1:2) | ||
| 14:00 | Hansa Rostock | - | Preußen Münster | 0:2 (0:1) | ||
| 03.04.2013 | 18:30 | VfB Stuttgart II | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:0 (0:0) | |
| 17.04.2013 | 19:00 | SV Darmstadt 98 | - | Chemnitzer FC | 1:1 (1:1) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
VfL Osnabrück | 23 | 14 | 5 | 4 | 38:17 | 21 | 47 |
| 2 |
|
Karlsruher SC | 23 | 13 | 7 | 3 | 42:16 | 26 | 46 |
| 3 |
|
Preußen Münster | 23 | 13 | 7 | 3 | 40:17 | 23 | 46 |
| 4 |
|
Arminia Bielefeld | 23 | 13 | 6 | 4 | 40:24 | 16 | 45 |
| 5 |
|
1. FC Heidenheim 1846 | 23 | 12 | 4 | 7 | 40:33 | 7 | 40 |
| 6 |
|
SpVgg Unterhaching | 23 | 11 | 6 | 6 | 37:30 | 7 | 39 |
| 7 |
|
VfB Stuttgart II | 23 | 10 | 5 | 8 | 29:25 | 4 | 35 |
| 8 |
|
Wacker Burghausen | 23 | 10 | 3 | 10 | 31:32 | -1 | 33 |
| 9 |
|
Chemnitzer FC | 23 | 8 | 7 | 8 | 33:30 | 3 | 31 |
| 10 |
|
Hansa Rostock | 23 | 8 | 5 | 10 | 23:31 | -8 | 29 |
| 11 |
|
SV Wehen Wiesbaden | 23 | 5 | 13 | 5 | 29:31 | -2 | 28 |
| 12 |
|
SV Babelsberg 03 | 23 | 7 | 6 | 10 | 19:28 | -9 | 27 |
| 13 |
|
1. FC Saarbrücken | 23 | 7 | 4 | 12 | 30:41 | -11 | 25 |
| 14 |
|
Kickers Offenbach | 23 | 7 | 5 | 11 | 31:33 | -2 | 24 |
| 15 |
|
Stuttgarter Kickers | 23 | 6 | 6 | 11 | 24:26 | -2 | 24 |
| 16 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 23 | 5 | 7 | 11 | 26:40 | -14 | 22 |
| 17 |
|
Hallescher FC | 23 | 5 | 7 | 11 | 19:33 | -14 | 22 |
| 18 |
|
Borussia Dortmund II | 23 | 4 | 8 | 11 | 21:40 | -19 | 20 |
| 19 |
|
Alemannia Aachen | 23 | 5 | 8 | 10 | 22:32 | -10 | 18 |
| 20 |
|
SV Darmstadt 98 | 23 | 3 | 9 | 11 | 19:34 | -15 | 18 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
|
# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
