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| 02.02.2013 | 14:00 | SV Darmstadt 98 | - | Wacker Burghausen | 0:0 (0:0) | |
| 14:00 | Rot-Weiß Erfurt | - | VfL Osnabrück | 2:1 (1:1) | ||
| 14:00 | Stuttgarter Kickers | - | VfB Stuttgart II | 3:0 (3:0) | ||
| 14:00 | SV Babelsberg 03 | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 2:4 (1:2) | ||
| 14:00 | Preußen Münster | - | SV Wehen Wiesbaden | 0:0 (0:0) | ||
| 14:00 | Chemnitzer FC | - | Hansa Rostock | 2:1 (0:0) | ||
| 14:00 | Kickers Offenbach | - | Alemannia Aachen | 1:1 (0:0) | ||
| 14:00 | Karlsruher SC | - | Arminia Bielefeld | 0:0 (0:0) | ||
| 03.02.2013 | 14:00 | SpVgg Unterhaching | - | Hallescher FC | 1:3 (0:0) | |
| 14:00 | 1. FC Saarbrücken | - | Borussia Dortmund II | 3:3 (1:0) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
Karlsruher SC | 24 | 13 | 8 | 3 | 42:16 | 26 | 47 |
| 2 |
|
Preußen Münster | 24 | 13 | 8 | 3 | 40:17 | 23 | 47 |
| 3 |
|
VfL Osnabrück | 24 | 14 | 5 | 5 | 39:19 | 20 | 47 |
| 4 |
|
Arminia Bielefeld | 24 | 13 | 7 | 4 | 40:24 | 16 | 46 |
| 5 |
|
1. FC Heidenheim 1846 | 24 | 13 | 4 | 7 | 44:35 | 9 | 43 |
| 6 |
|
SpVgg Unterhaching | 24 | 11 | 6 | 7 | 38:33 | 5 | 39 |
| 7 |
|
VfB Stuttgart II | 24 | 10 | 5 | 9 | 29:28 | 1 | 35 |
| 8 |
|
Chemnitzer FC | 24 | 9 | 7 | 8 | 35:31 | 4 | 34 |
| 9 |
|
Wacker Burghausen | 24 | 10 | 4 | 10 | 31:32 | -1 | 34 |
| 10 |
|
SV Wehen Wiesbaden | 24 | 5 | 14 | 5 | 29:31 | -2 | 29 |
| 11 |
|
Hansa Rostock | 24 | 8 | 5 | 11 | 24:33 | -9 | 29 |
| 12 |
|
Stuttgarter Kickers | 24 | 7 | 6 | 11 | 27:26 | 1 | 27 |
| 13 |
|
SV Babelsberg 03 | 24 | 7 | 6 | 11 | 21:32 | -11 | 27 |
| 14 |
|
1. FC Saarbrücken | 24 | 7 | 5 | 12 | 33:44 | -11 | 26 |
| 15 |
|
Kickers Offenbach | 24 | 7 | 6 | 11 | 32:34 | -2 | 25 |
| 16 |
|
Hallescher FC | 24 | 6 | 7 | 11 | 22:34 | -12 | 25 |
| 17 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 24 | 6 | 7 | 11 | 28:41 | -13 | 25 |
| 18 |
|
Borussia Dortmund II | 24 | 4 | 9 | 11 | 24:43 | -19 | 21 |
| 19 |
|
Alemannia Aachen | 24 | 5 | 9 | 10 | 23:33 | -10 | 19 |
| 20 |
|
SV Darmstadt 98 | 24 | 3 | 10 | 11 | 19:34 | -15 | 19 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
|
# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
