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| 16.02.2013 | 14:00 | SpVgg Unterhaching | - | VfL Osnabrück | 0:2 (0:2) | |
| 14:00 | Preußen Münster | - | Hallescher FC | 2:0 (1:0) | ||
| 14:00 | Chemnitzer FC | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 2:1 (1:0) | ||
| 14:00 | Kickers Offenbach | - | 1. FC Saarbrücken | 2:0 (2:0) | ||
| 14:00 | Karlsruher SC | - | Borussia Dortmund II | 1:0 (1:0) | ||
| 17.02.2013 | 14:00 | SV Darmstadt 98 | - | SV Wehen Wiesbaden | 1:0 (0:0) | |
| 06.03.2013 | 19:00 | Hansa Rostock | - | Wacker Burghausen | 1:0 (1:0) | |
| 23.03.2013 | 15:00 | Stuttgarter Kickers | - | Arminia Bielefeld | 1:1 (1:0) | |
| 10.04.2013 | 19:00 | SV Babelsberg 03 | - | VfB Stuttgart II | 0:0 (0:0) | |
| 16.04.2013 | 19:00 | Rot-Weiß Erfurt | - | Alemannia Aachen | 3:1 (3:0) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
Karlsruher SC | 26 | 15 | 8 | 3 | 47:16 | 31 | 53 |
| 2 |
|
VfL Osnabrück | 26 | 16 | 5 | 5 | 44:20 | 24 | 53 |
| 3 |
|
Preußen Münster | 26 | 14 | 8 | 4 | 43:20 | 23 | 50 |
| 4 |
|
Arminia Bielefeld | 26 | 14 | 8 | 4 | 43:25 | 18 | 50 |
| 5 |
|
1. FC Heidenheim 1846 | 26 | 14 | 4 | 8 | 48:38 | 10 | 46 |
| 6 |
|
SpVgg Unterhaching | 26 | 11 | 7 | 8 | 38:35 | 3 | 40 |
| 7 |
|
Chemnitzer FC | 26 | 10 | 8 | 8 | 37:32 | 5 | 38 |
| 8 |
|
VfB Stuttgart II | 26 | 10 | 7 | 9 | 29:28 | 1 | 37 |
| 9 |
|
Wacker Burghausen | 26 | 11 | 4 | 11 | 33:34 | -1 | 37 |
| 10 |
|
Hansa Rostock | 26 | 9 | 6 | 11 | 25:33 | -8 | 33 |
| 11 |
|
SV Wehen Wiesbaden | 26 | 5 | 15 | 6 | 29:32 | -3 | 30 |
| 12 |
|
Kickers Offenbach | 26 | 8 | 7 | 11 | 34:34 | 0 | 29 |
| 13 |
|
Stuttgarter Kickers | 26 | 7 | 7 | 12 | 29:30 | -1 | 28 |
| 14 |
|
SV Babelsberg 03 | 26 | 7 | 7 | 12 | 21:33 | -12 | 28 |
| 15 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 26 | 7 | 7 | 12 | 31:44 | -13 | 28 |
| 16 |
|
Hallescher FC | 26 | 7 | 7 | 12 | 23:36 | -13 | 28 |
| 17 |
|
1. FC Saarbrücken | 26 | 7 | 5 | 14 | 34:48 | -14 | 26 |
| 18 |
|
SV Darmstadt 98 | 26 | 4 | 11 | 11 | 20:34 | -14 | 23 |
| 19 |
|
Borussia Dortmund II | 26 | 4 | 10 | 12 | 24:44 | -20 | 22 |
| 20 |
|
Alemannia Aachen | 26 | 5 | 9 | 12 | 24:40 | -16 | 19 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
|
# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
