# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Karlsruher SC, Deutschland Karlsruher SC 28 16 9 3 49:17 32 57
2 Preußen Münster, Deutschland Preußen Münster 28 16 8 4 47:21 26 56
3 Arminia Bielefeld, Deutschland Arminia Bielefeld 28 16 8 4 48:25 23 56
4 VfL Osnabrück, Deutschland VfL Osnabrück 28 17 5 6 46:23 23 56
5 1. FC Heidenheim 1846, Deutschland 1. FC Heidenheim 1846 28 16 4 8 53:38 15 52
6 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 28 12 7 9 39:38 1 43
7 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 28 11 8 9 38:34 4 41
8 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 28 11 6 11 34:35 -1 39
9 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 28 10 7 11 29:30 -1 37
10 SV Wehen Wiesbaden, Deutschland SV Wehen Wiesbaden 28 6 16 6 32:34 -2 34
11 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 28 9 7 12 27:37 -10 34
12 Hansa Rostock, Deutschland Hansa Rostock 28 9 6 13 26:37 -11 33
13 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 28 8 8 12 35:36 -1 30
14 1. FC Saarbrücken, Deutschland 1. FC Saarbrücken 28 8 6 14 36:49 -13 30
15 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 28 7 7 14 29:34 -5 28
16 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 28 7 7 14 35:50 -15 28
17 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 28 7 7 14 21:36 -15 28
18 Borussia Dortmund II, Deutschland Borussia Dortmund II 28 6 10 12 29:47 -18 28
19 SV Darmstadt 98, Deutschland SV Darmstadt 98 28 4 11 13 21:39 -18 23
20 Alemannia Aachen, Deutschland Alemannia Aachen 28 6 9 13 27:41 -14 22
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Abstieg

# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen.

# Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft.

# Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart.