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| 08.03.2013 | 19:00 | VfL Osnabrück | - | Chemnitzer FC | 2:2 (1:1) | |
| 09.03.2013 | 14:00 | Alemannia Aachen | - | SV Babelsberg 03 | 1:2 (1:0) | |
| 14:00 | Borussia Dortmund II | - | SpVgg Unterhaching | 2:1 (2:0) | ||
| 14:00 | 1. FC Saarbrücken | - | Stuttgarter Kickers | 3:0 (1:0) | ||
| 14:00 | Kickers Offenbach | - | Rot-Weiß Erfurt | 0:1 (0:0) | ||
| 14:00 | Wacker Burghausen | - | Karlsruher SC | 1:2 (1:2) | ||
| 14:00 | VfB Stuttgart II | - | SV Darmstadt 98 | 0:2 (0:1) | ||
| 14:00 | Arminia Bielefeld | - | Preußen Münster | 1:1 (1:0) | ||
| 14:00 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | SV Wehen Wiesbaden | 2:2 (0:1) | ||
| 10.03.2013 | 14:00 | Hallescher FC | - | Hansa Rostock | 3:1 (3:1) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
Karlsruher SC | 29 | 17 | 9 | 3 | 51:18 | 33 | 60 |
| 2 |
|
Preußen Münster | 29 | 16 | 9 | 4 | 48:22 | 26 | 57 |
| 3 |
|
Arminia Bielefeld | 29 | 16 | 9 | 4 | 49:26 | 23 | 57 |
| 4 |
|
VfL Osnabrück | 29 | 17 | 6 | 6 | 48:25 | 23 | 57 |
| 5 |
|
1. FC Heidenheim 1846 | 29 | 16 | 5 | 8 | 55:40 | 15 | 53 |
| 6 |
|
SpVgg Unterhaching | 29 | 12 | 7 | 10 | 40:40 | 0 | 43 |
| 7 |
|
Chemnitzer FC | 29 | 11 | 9 | 9 | 40:36 | 4 | 42 |
| 8 |
|
Wacker Burghausen | 29 | 11 | 6 | 12 | 35:37 | -2 | 39 |
| 9 |
|
VfB Stuttgart II | 29 | 10 | 7 | 12 | 29:32 | -3 | 37 |
| 10 |
|
Hallescher FC | 29 | 10 | 7 | 12 | 30:38 | -8 | 37 |
| 11 |
|
SV Wehen Wiesbaden | 29 | 6 | 17 | 6 | 34:36 | -2 | 35 |
| 12 |
|
1. FC Saarbrücken | 29 | 9 | 6 | 14 | 39:49 | -10 | 33 |
| 13 |
|
Hansa Rostock | 29 | 9 | 6 | 14 | 27:40 | -13 | 33 |
| 14 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 29 | 8 | 7 | 14 | 36:50 | -14 | 31 |
| 15 |
|
SV Babelsberg 03 | 29 | 8 | 7 | 14 | 23:37 | -14 | 31 |
| 16 |
|
Borussia Dortmund II | 29 | 7 | 10 | 12 | 31:48 | -17 | 31 |
| 17 |
|
Kickers Offenbach | 29 | 8 | 8 | 13 | 35:37 | -2 | 30 |
| 18 |
|
Stuttgarter Kickers | 29 | 7 | 7 | 15 | 29:37 | -8 | 28 |
| 19 |
|
SV Darmstadt 98 | 29 | 5 | 11 | 13 | 23:39 | -16 | 26 |
| 20 |
|
Alemannia Aachen | 29 | 6 | 9 | 14 | 28:43 | -15 | 22 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
|
# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
