# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Karlsruher SC, Deutschland Karlsruher SC 30 18 9 3 52:18 34 63
2 Preußen Münster, Deutschland Preußen Münster 30 17 9 4 52:23 29 60
3 Arminia Bielefeld, Deutschland Arminia Bielefeld 30 17 9 4 50:26 24 60
4 VfL Osnabrück, Deutschland VfL Osnabrück 30 17 6 7 48:26 22 57
5 1. FC Heidenheim 1846, Deutschland 1. FC Heidenheim 1846 30 17 5 8 57:41 16 56
6 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 30 12 8 10 40:40 0 44
7 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 30 11 9 10 40:37 3 42
8 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 30 11 6 13 36:39 -3 39
9 SV Wehen Wiesbaden, Deutschland SV Wehen Wiesbaden 30 7 17 6 36:36 0 38
10 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 30 10 8 12 29:32 -3 38
11 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 30 10 7 13 30:40 -10 37
12 1. FC Saarbrücken, Deutschland 1. FC Saarbrücken 30 9 7 14 39:49 -10 34
13 Hansa Rostock, Deutschland Hansa Rostock 30 9 7 14 27:40 -13 34
14 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 30 9 8 13 37:37 0 33
15 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 30 8 8 14 24:38 -14 32
16 Borussia Dortmund II, Deutschland Borussia Dortmund II 30 7 11 12 32:49 -17 32
17 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 30 8 7 15 36:51 -15 31
18 SV Darmstadt 98, Deutschland SV Darmstadt 98 30 6 11 13 24:39 -15 29
19 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 30 7 7 16 29:39 -10 28
20 Alemannia Aachen, Deutschland Alemannia Aachen 30 6 9 15 29:47 -18 22
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Abstieg

# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen.

# Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft.

# Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart.