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| 30.03.2013 | 14:00 | 1. FC Saarbrücken | - | SV Babelsberg 03 | 2:1 (0:0) | |
| 14:00 | Kickers Offenbach | - | SpVgg Unterhaching | 1:0 (1:0) | ||
| 14:00 | Karlsruher SC | - | Stuttgarter Kickers | 3:0 (2:0) | ||
| 14:00 | Wacker Burghausen | - | Rot-Weiß Erfurt | 0:0 (0:0) | ||
| 14:00 | VfL Osnabrück | - | Hansa Rostock | 3:2 (0:1) | ||
| 14:00 | Arminia Bielefeld | - | SV Darmstadt 98 | 0:0 (0:0) | ||
| 14:00 | Alemannia Aachen | - | Chemnitzer FC | 1:5 (0:1) | ||
| 14:00 | Borussia Dortmund II | - | Preußen Münster | 0:0 (0:0) | ||
| 31.03.2013 | 14:00 | VfB Stuttgart II | - | SV Wehen Wiesbaden | 1:1 (0:1) | |
| 16.04.2013 | 19:00 | Hallescher FC | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:0 (0:0) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
Karlsruher SC | 31 | 19 | 9 | 3 | 55:18 | 37 | 66 |
| 2 |
|
Preußen Münster | 31 | 17 | 10 | 4 | 52:23 | 29 | 61 |
| 3 |
|
Arminia Bielefeld | 31 | 17 | 10 | 4 | 50:26 | 24 | 61 |
| 4 |
|
VfL Osnabrück | 31 | 18 | 6 | 7 | 51:28 | 23 | 60 |
| 5 |
|
1. FC Heidenheim 1846 | 31 | 17 | 6 | 8 | 57:41 | 16 | 57 |
| 6 |
|
Chemnitzer FC | 31 | 12 | 9 | 10 | 45:38 | 7 | 45 |
| 7 |
|
SpVgg Unterhaching | 31 | 12 | 8 | 11 | 40:41 | -1 | 44 |
| 8 |
|
Wacker Burghausen | 31 | 11 | 7 | 13 | 36:39 | -3 | 40 |
| 9 |
|
SV Wehen Wiesbaden | 31 | 7 | 18 | 6 | 37:37 | 0 | 39 |
| 10 |
|
VfB Stuttgart II | 31 | 10 | 9 | 12 | 30:33 | -3 | 39 |
| 11 |
|
Hallescher FC | 31 | 10 | 8 | 13 | 30:40 | -10 | 38 |
| 12 |
|
1. FC Saarbrücken | 31 | 10 | 7 | 14 | 41:50 | -9 | 37 |
| 13 |
|
Kickers Offenbach | 31 | 10 | 8 | 13 | 38:37 | 1 | 36 |
| 14 |
|
Hansa Rostock | 31 | 9 | 7 | 15 | 29:43 | -14 | 34 |
| 15 |
|
Borussia Dortmund II | 31 | 7 | 12 | 12 | 32:49 | -17 | 33 |
| 16 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 31 | 8 | 8 | 15 | 36:51 | -15 | 32 |
| 17 |
|
SV Babelsberg 03 | 31 | 8 | 8 | 15 | 25:40 | -15 | 32 |
| 18 |
|
SV Darmstadt 98 | 31 | 6 | 12 | 13 | 24:39 | -15 | 30 |
| 19 |
|
Stuttgarter Kickers | 31 | 7 | 7 | 17 | 29:42 | -13 | 28 |
| 20 |
|
Alemannia Aachen | 31 | 6 | 9 | 16 | 30:52 | -22 | 22 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
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# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
