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| 05.04.2013 | 19:00 | SV Darmstadt 98 | - | Alemannia Aachen | 0:0 (0:0) | |
| 06.04.2013 | 14:00 | Hallescher FC | - | Wacker Burghausen | 0:0 (0:0) | |
| 14:00 | SV Wehen Wiesbaden | - | VfL Osnabrück | 3:2 (1:1) | ||
| 14:00 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | VfB Stuttgart II | 1:0 (0:0) | ||
| 14:00 | Stuttgarter Kickers | - | Rot-Weiß Erfurt | 0:1 (0:0) | ||
| 14:00 | SpVgg Unterhaching | - | Karlsruher SC | 2:1 (1:0) | ||
| 14:00 | SV Babelsberg 03 | - | Kickers Offenbach | 0:0 (0:0) | ||
| 14:00 | Preußen Münster | - | 1. FC Saarbrücken | 3:3 (1:0) | ||
| 14:00 | Chemnitzer FC | - | Borussia Dortmund II | 1:0 (0:0) | ||
| 14:00 | Hansa Rostock | - | Arminia Bielefeld | 0:2 (0:0) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
Karlsruher SC | 32 | 19 | 9 | 4 | 56:20 | 36 | 66 |
| 2 |
|
Arminia Bielefeld | 32 | 18 | 10 | 4 | 52:26 | 26 | 64 |
| 3 |
|
Preußen Münster | 32 | 17 | 11 | 4 | 55:26 | 29 | 62 |
| 4 |
|
VfL Osnabrück | 32 | 18 | 6 | 8 | 53:31 | 22 | 60 |
| 5 |
|
1. FC Heidenheim 1846 | 32 | 18 | 6 | 8 | 58:41 | 17 | 60 |
| 6 |
|
Chemnitzer FC | 32 | 13 | 9 | 10 | 46:38 | 8 | 48 |
| 7 |
|
SpVgg Unterhaching | 32 | 13 | 8 | 11 | 42:42 | 0 | 47 |
| 8 |
|
SV Wehen Wiesbaden | 32 | 8 | 18 | 6 | 40:39 | 1 | 42 |
| 9 |
|
Wacker Burghausen | 32 | 11 | 8 | 13 | 36:39 | -3 | 41 |
| 10 |
|
VfB Stuttgart II | 32 | 10 | 9 | 13 | 30:34 | -4 | 39 |
| 11 |
|
Hallescher FC | 32 | 10 | 9 | 13 | 30:40 | -10 | 39 |
| 12 |
|
1. FC Saarbrücken | 32 | 10 | 8 | 14 | 44:53 | -9 | 38 |
| 13 |
|
Kickers Offenbach | 32 | 10 | 9 | 13 | 38:37 | 1 | 37 |
| 14 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 32 | 9 | 8 | 15 | 37:51 | -14 | 35 |
| 15 |
|
Hansa Rostock | 32 | 9 | 7 | 16 | 29:45 | -16 | 34 |
| 16 |
|
SV Babelsberg 03 | 32 | 8 | 9 | 15 | 25:40 | -15 | 33 |
| 17 |
|
Borussia Dortmund II | 32 | 7 | 12 | 13 | 32:50 | -18 | 33 |
| 18 |
|
SV Darmstadt 98 | 32 | 6 | 13 | 13 | 24:39 | -15 | 31 |
| 19 |
|
Stuttgarter Kickers | 32 | 7 | 7 | 18 | 29:43 | -14 | 28 |
| 20 |
|
Alemannia Aachen | 32 | 6 | 10 | 16 | 30:52 | -22 | 23 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
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# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
