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| 26.04.2013 | 19:00 | Kickers Offenbach | - | SV Darmstadt 98 | 0:2 (0:1) | |
| 19:00 | Karlsruher SC | - | Chemnitzer FC | 4:1 (2:0) | ||
| 27.04.2013 | 14:00 | Stuttgarter Kickers | - | SV Babelsberg 03 | 2:1 (0:0) | |
| 14:00 | Wacker Burghausen | - | SpVgg Unterhaching | 3:1 (2:0) | ||
| 14:00 | VfL Osnabrück | - | VfB Stuttgart II | 2:0 (1:0) | ||
| 14:00 | Arminia Bielefeld | - | Hallescher FC | 2:1 (1:0) | ||
| 14:00 | Alemannia Aachen | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 1:2 (0:0) | ||
| 14:00 | Borussia Dortmund II | - | SV Wehen Wiesbaden | 1:2 (1:2) | ||
| 14:00 | 1. FC Saarbrücken | - | Hansa Rostock | 1:1 (0:0) | ||
| 14:00 | Rot-Weiß Erfurt | - | Preußen Münster | 1:1 (1:1) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
Karlsruher SC | 35 | 21 | 9 | 5 | 63:24 | 39 | 72 |
| 2 |
|
Arminia Bielefeld | 35 | 20 | 10 | 5 | 57:31 | 26 | 70 |
| 3 |
|
Preußen Münster | 35 | 19 | 12 | 4 | 59:28 | 31 | 69 |
| 4 |
|
VfL Osnabrück | 35 | 20 | 7 | 8 | 59:34 | 25 | 67 |
| 5 |
|
1. FC Heidenheim 1846 | 35 | 20 | 7 | 8 | 65:44 | 21 | 67 |
| 6 |
|
Chemnitzer FC | 35 | 14 | 9 | 12 | 49:44 | 5 | 51 |
| 7 |
|
SV Wehen Wiesbaden | 35 | 10 | 18 | 7 | 46:45 | 1 | 48 |
| 8 |
|
SpVgg Unterhaching | 35 | 13 | 9 | 13 | 44:47 | -3 | 48 |
| 9 |
|
Wacker Burghausen | 35 | 12 | 9 | 14 | 40:44 | -4 | 45 |
| 10 |
|
1. FC Saarbrücken | 35 | 12 | 9 | 14 | 49:55 | -6 | 45 |
| 11 |
|
VfB Stuttgart II | 35 | 11 | 10 | 14 | 33:36 | -3 | 43 |
| 12 |
|
Hansa Rostock | 35 | 11 | 8 | 16 | 36:49 | -13 | 41 |
| 13 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 35 | 10 | 10 | 15 | 40:53 | -13 | 40 |
| 14 |
|
Hallescher FC | 35 | 10 | 9 | 16 | 32:47 | -15 | 39 |
| 15 |
|
Kickers Offenbach | 35 | 10 | 9 | 16 | 38:42 | -4 | 37 |
| 16 |
|
Borussia Dortmund II | 35 | 8 | 12 | 15 | 34:54 | -20 | 36 |
| 17 |
|
Stuttgarter Kickers | 35 | 9 | 8 | 18 | 36:46 | -10 | 35 |
| 18 |
|
SV Darmstadt 98 | 35 | 7 | 13 | 15 | 27:42 | -15 | 34 |
| 19 |
|
SV Babelsberg 03 | 35 | 8 | 10 | 17 | 28:45 | -17 | 34 |
| 20 |
|
Alemannia Aachen | 35 | 6 | 10 | 19 | 36:61 | -25 | 23 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
|
# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
