# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Karlsruher SC, Deutschland Karlsruher SC 37 22 10 5 65:25 40 76
2 Arminia Bielefeld, Deutschland Arminia Bielefeld 37 22 10 5 59:31 28 76
3 1. FC Heidenheim 1846, Deutschland 1. FC Heidenheim 1846 37 21 8 8 69:47 22 71
4 VfL Osnabrück, Deutschland VfL Osnabrück 37 21 7 9 60:35 25 70
5 Preußen Münster, Deutschland Preußen Münster 37 19 12 6 59:32 27 69
6 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 37 14 10 13 51:47 4 52
7 SV Wehen Wiesbaden, Deutschland SV Wehen Wiesbaden 37 11 18 8 49:47 2 51
8 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 37 14 9 14 48:50 -2 51
9 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 37 13 9 15 44:45 -1 48
10 1. FC Saarbrücken, Deutschland 1. FC Saarbrücken 37 12 9 16 51:60 -9 45
11 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 37 11 10 16 35:41 -6 43
12 Hansa Rostock, Deutschland Hansa Rostock 37 11 10 16 39:52 -13 43
13 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 37 11 10 16 44:58 -14 43
14 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 37 11 10 16 35:49 -14 43
15 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 37 11 10 16 41:44 -3 41
16 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 37 10 9 18 38:47 -9 39
17 Borussia Dortmund II, Deutschland Borussia Dortmund II 37 8 14 15 38:58 -20 38
18 SV Darmstadt 98, Deutschland SV Darmstadt 98 37 8 13 16 31:45 -14 37
19 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 37 9 10 18 31:50 -19 37
20 Alemannia Aachen, Deutschland Alemannia Aachen 37 7 10 20 40:64 -24 26
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Abstieg

# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen.

# Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft.

# Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart.