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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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VfL Osnabrück | 38 | 21 | 10 | 7 | 40:15 | 25 | 73 |
| 2 |
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Preußen Münster | 38 | 19 | 15 | 4 | 38:15 | 23 | 72 |
| 3 |
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Arminia Bielefeld | 38 | 18 | 13 | 7 | 32:17 | 15 | 67 |
| 4 |
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1. FC Heidenheim 1846 | 38 | 17 | 14 | 7 | 37:26 | 11 | 65 |
| 5 |
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Karlsruher SC | 38 | 15 | 18 | 5 | 41:16 | 25 | 63 |
| 6 |
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Wacker Burghausen | 38 | 14 | 14 | 10 | 25:23 | 2 | 56 |
| 7 |
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Chemnitzer FC | 38 | 13 | 16 | 9 | 35:27 | 8 | 55 |
| 8 |
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SpVgg Unterhaching | 38 | 14 | 12 | 12 | 32:29 | 3 | 54 |
| 9 |
|
Kickers Offenbach | 38 | 11 | 16 | 11 | 24:24 | 0 | 49 |
| 10 |
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1. FC Saarbrücken | 38 | 12 | 13 | 13 | 30:34 | -4 | 49 |
| 11 |
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VfB Stuttgart II | 38 | 11 | 11 | 16 | 23:24 | -1 | 44 |
| 12 |
|
Hallescher FC | 38 | 10 | 14 | 14 | 24:31 | -7 | 44 |
| 13 |
|
SV Wehen Wiesbaden | 38 | 9 | 15 | 14 | 23:31 | -8 | 42 |
| 14 |
|
Stuttgarter Kickers | 38 | 10 | 11 | 17 | 21:27 | -6 | 41 |
| 15 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 38 | 10 | 11 | 17 | 21:35 | -14 | 41 |
| 16 |
|
Alemannia Aachen | 38 | 9 | 13 | 16 | 29:43 | -14 | 40 |
| 17 |
|
SV Babelsberg 03 | 38 | 6 | 19 | 13 | 13:26 | -13 | 37 |
| 18 |
|
Hansa Rostock | 38 | 7 | 16 | 15 | 17:32 | -15 | 37 |
| 19 |
|
SV Darmstadt 98 | 38 | 8 | 12 | 18 | 18:32 | -14 | 36 |
| 20 |
|
Borussia Dortmund II | 38 | 7 | 15 | 16 | 19:35 | -16 | 36 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
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# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
