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| 25.08.2012 | 14:00 | SpVgg Unterhaching | - | VfB Stuttgart II | 0:3 (0:0) | |
| 14:00 | Stuttgarter Kickers | - | VfL Osnabrück | 3:0 (2:0) | ||
| 14:00 | Rot-Weiß Erfurt | - | Arminia Bielefeld | 0:2 (0:1) | ||
| 14:00 | Karlsruher SC | - | Alemannia Aachen | 0:0 (0:0) | ||
| 14:00 | Kickers Offenbach | - | Borussia Dortmund II | 3:0 (1:0) | ||
| 14:00 | 1. FC Saarbrücken | - | Wacker Burghausen | 3:0 (2:0) | ||
| 14:00 | Chemnitzer FC | - | SV Wehen Wiesbaden | 3:2 (0:2) | ||
| 14:00 | Preußen Münster | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 1:1 (0:1) | ||
| 26.08.2012 | 14:00 | SV Babelsberg 03 | - | Hallescher FC | 0:1 (0:0) | |
| 14:00 | SV Darmstadt 98 | - | Hansa Rostock | 1:1 (1:0) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
Arminia Bielefeld | 6 | 4 | 2 | 0 | 11:5 | 6 | 14 |
| 2 |
|
SpVgg Unterhaching | 6 | 4 | 1 | 1 | 10:4 | 6 | 13 |
| 3 |
|
VfL Osnabrück | 6 | 4 | 1 | 1 | 7:4 | 3 | 13 |
| 4 |
|
Preußen Münster | 6 | 3 | 2 | 1 | 12:7 | 5 | 11 |
| 5 |
|
Hallescher FC | 6 | 3 | 2 | 1 | 5:1 | 4 | 11 |
| 6 |
|
1. FC Heidenheim 1846 | 6 | 3 | 2 | 1 | 12:9 | 3 | 11 |
| 7 |
|
VfB Stuttgart II | 6 | 3 | 1 | 2 | 10:7 | 3 | 10 |
| 8 |
|
Chemnitzer FC | 6 | 3 | 1 | 2 | 8:6 | 2 | 10 |
| 9 |
|
1. FC Saarbrücken | 6 | 3 | 0 | 3 | 9:7 | 2 | 9 |
| 10 |
|
Stuttgarter Kickers | 6 | 2 | 2 | 2 | 9:5 | 4 | 8 |
| 11 |
|
Hansa Rostock | 6 | 2 | 2 | 2 | 9:11 | -2 | 8 |
| 12 |
|
SV Wehen Wiesbaden | 6 | 1 | 3 | 2 | 9:10 | -1 | 6 |
| 13 |
|
Wacker Burghausen | 6 | 2 | 0 | 4 | 6:11 | -5 | 6 |
| 14 |
|
SV Darmstadt 98 | 6 | 1 | 2 | 3 | 4:8 | -4 | 5 |
| 15 |
|
Borussia Dortmund II | 6 | 1 | 2 | 3 | 5:10 | -5 | 5 |
| 16 |
|
Alemannia Aachen | 6 | 2 | 3 | 1 | 8:8 | 0 | 4 |
| 17 |
|
Kickers Offenbach | 6 | 2 | 0 | 4 | 8:10 | -2 | 4 |
| 18 |
|
Karlsruher SC | 6 | 0 | 4 | 2 | 3:6 | -3 | 4 |
| 19 |
|
SV Babelsberg 03 | 6 | 1 | 1 | 4 | 6:10 | -4 | 4 |
| 20 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 6 | 0 | 1 | 5 | 2:14 | -12 | 1 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
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# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
