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| 10.10.2008 | 19:00 | SpVgg Weiden | - | SpVgg Bayreuth | 1:1 | |
| 11.10.2008 | 15:00 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | VfL Frohnlach | 2:2 | |
| 15:00 | TSV 1896 Rain | - | TSV Buchbach | 0:2 | ||
| 15:00 | FC Ismaning | - | Würzburger FV | 4:2 | ||
| 15:00 | SV Seligenporten | - | TSV Aindling | 1:1 | ||
| 12.10.2008 | 16:00 | FSV Erlangen-Bruck | - | FC Ingolstadt 04 II | 0:2 | |
| 06.12.2008 | 14:00 | 1. FC Bad Kötzting | - | FC Memmingen | 1:3 | |
| 14:00 | SpVgg Bayern Hof | - | Würzburger Kickers | 5:0 | ||
| 15.04.2009 | 18:15 | TSG Thannhausen | - | SpVgg Ansbach | 0:3 |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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SpVgg Weiden | 14 | 8 | 4 | 2 | 25:14 | 11 | 28 |
| 2 |
|
SpVgg Bayreuth | 14 | 8 | 3 | 3 | 27:17 | 10 | 27 |
| 3 |
|
FC Memmingen | 14 | 8 | 3 | 3 | 21:13 | 8 | 27 |
| 4 |
|
FC Ismaning | 14 | 7 | 2 | 5 | 36:21 | 15 | 23 |
| 5 |
|
TSV Buchbach | 14 | 6 | 5 | 3 | 24:15 | 9 | 23 |
| 6 |
|
FSV Erlangen-Bruck | 14 | 6 | 5 | 3 | 25:20 | 5 | 23 |
| 7 |
|
1. FC Bad Kötzting | 14 | 7 | 2 | 5 | 27:26 | 1 | 23 |
| 8 |
|
SpVgg Bayern Hof | 14 | 6 | 4 | 4 | 20:11 | 9 | 22 |
| 9 |
|
TSV Aindling | 14 | 5 | 6 | 3 | 23:17 | 6 | 21 |
| 10 |
|
TSG Thannhausen | 14 | 6 | 2 | 6 | 25:26 | -1 | 20 |
| 11 |
|
VfL Frohnlach | 14 | 6 | 1 | 7 | 29:28 | 1 | 19 |
| 12 |
|
SpVgg Ansbach | 14 | 5 | 4 | 5 | 18:19 | -1 | 19 |
| 13 |
|
SV Seligenporten | 14 | 4 | 7 | 3 | 17:18 | -1 | 19 |
| 14 |
|
FC Ingolstadt 04 II | 14 | 4 | 4 | 6 | 13:19 | -6 | 16 |
| 15 |
|
TSV 1896 Rain | 14 | 3 | 3 | 8 | 17:29 | -12 | 12 |
| 16 |
|
1. FC Schweinfurt 05 | 14 | 2 | 4 | 8 | 17:35 | -18 | 10 |
| 17 |
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Würzburger Kickers | 14 | 2 | 1 | 11 | 19:41 | -22 | 7 |
| 18 |
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Würzburger FV | 14 | 0 | 6 | 8 | 14:28 | -14 | 6 |
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# Erstmals seit der Saison 1977/78 beendeten drei Teams in der Abstiegszone die Saison punktgleich. Daher mussten zwischen dem TSV Rain am Lech, dem Würzburger FV und dem FV Seligenporten drei Entscheidungsspiele um Klassenerhalt, Relegation bzw. Abstieg ausgetragen werden. Aufsteiger Rain siegte 2:0 gegen Würzburg und 5:1 gegen Seligenporten und hielt so die Klasse. Im dritten Spiel gewann Seligenporten 4:0 gegen Würzburg, womit nach den Kickers auch der zweite Würzburger Verein absteigen musste. Seligenporten sicherte schließlich in den Relegationsspielen die Zugehörigkeit zur Bayernliga. |
