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| 17.10.2008 | 19:00 | SpVgg Weiden | - | SpVgg Bayern Hof | 1:1 | |
| 19:30 | FC Memmingen | - | TSV 1896 Rain | 4:1 | ||
| 18.10.2008 | 15:00 | SpVgg Ansbach | - | SV Seligenporten | 2:2 | |
| 15:00 | FC Ingolstadt 04 II | - | 1. FC Bad Kötzting | 1:1 | ||
| 15:00 | VfL Frohnlach | - | FC Ismaning | 3:1 | ||
| 15:00 | SpVgg Bayreuth | - | Würzburger FV | 1:2 | ||
| 15:00 | Würzburger Kickers | - | TSG Thannhausen | 3:2 | ||
| 16:00 | TSV Buchbach | - | 1. FC Schweinfurt 05 | 3:0 | ||
| 19.10.2008 | 15:00 | TSV Aindling | - | FSV Erlangen-Bruck | 2:0 |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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FC Memmingen | 15 | 9 | 3 | 3 | 25:14 | 11 | 30 |
| 2 |
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SpVgg Weiden | 15 | 8 | 5 | 2 | 26:15 | 11 | 29 |
| 3 |
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SpVgg Bayreuth | 15 | 8 | 3 | 4 | 28:19 | 9 | 27 |
| 4 |
|
TSV Buchbach | 15 | 7 | 5 | 3 | 27:15 | 12 | 26 |
| 5 |
|
TSV Aindling | 15 | 6 | 6 | 3 | 25:17 | 8 | 24 |
| 6 |
|
1. FC Bad Kötzting | 15 | 7 | 3 | 5 | 28:27 | 1 | 24 |
| 7 |
|
FC Ismaning | 15 | 7 | 2 | 6 | 37:24 | 13 | 23 |
| 8 |
|
SpVgg Bayern Hof | 15 | 6 | 5 | 4 | 21:12 | 9 | 23 |
| 9 |
|
FSV Erlangen-Bruck | 15 | 6 | 5 | 4 | 25:22 | 3 | 23 |
| 10 |
|
VfL Frohnlach | 15 | 7 | 1 | 7 | 32:29 | 3 | 22 |
| 11 |
|
SpVgg Ansbach | 15 | 5 | 5 | 5 | 20:21 | -1 | 20 |
| 12 |
|
SV Seligenporten | 15 | 4 | 8 | 3 | 19:20 | -1 | 20 |
| 13 |
|
TSG Thannhausen | 15 | 6 | 2 | 7 | 27:29 | -2 | 20 |
| 14 |
|
FC Ingolstadt 04 II | 15 | 4 | 5 | 6 | 14:20 | -6 | 17 |
| 15 |
|
TSV 1896 Rain | 15 | 3 | 3 | 9 | 18:33 | -15 | 12 |
| 16 |
|
Würzburger Kickers | 15 | 3 | 1 | 11 | 22:43 | -21 | 10 |
| 17 |
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1. FC Schweinfurt 05 | 15 | 2 | 4 | 9 | 17:38 | -21 | 10 |
| 18 |
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Würzburger FV | 15 | 1 | 6 | 8 | 16:29 | -13 | 9 |
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# Erstmals seit der Saison 1977/78 beendeten drei Teams in der Abstiegszone die Saison punktgleich. Daher mussten zwischen dem TSV Rain am Lech, dem Würzburger FV und dem FV Seligenporten drei Entscheidungsspiele um Klassenerhalt, Relegation bzw. Abstieg ausgetragen werden. Aufsteiger Rain siegte 2:0 gegen Würzburg und 5:1 gegen Seligenporten und hielt so die Klasse. Im dritten Spiel gewann Seligenporten 4:0 gegen Würzburg, womit nach den Kickers auch der zweite Würzburger Verein absteigen musste. Seligenporten sicherte schließlich in den Relegationsspielen die Zugehörigkeit zur Bayernliga. |
