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| 21.11.2008 | 19:00 | SpVgg Weiden | - | TSV 1896 Rain | 3:1 | |
| 06.12.2008 | 14:00 | FC Ingolstadt 04 II | - | VfL Frohnlach | 1:1 | |
| 14:00 | TSV Aindling | - | Würzburger FV | 1:1 | ||
| 28.02.2009 | 14:00 | Würzburger Kickers | - | 1. FC Schweinfurt 05 | 2:0 | |
| 31.03.2009 | 18:00 | SpVgg Ansbach | - | FC Ismaning | 1:1 | |
| 18:00 | TSG Thannhausen | - | FSV Erlangen-Bruck | 2:1 | ||
| 01.04.2009 | 17:45 | SpVgg Bayern Hof | - | 1. FC Bad Kötzting | 0:1 | |
| 18:00 | SV Seligenporten | - | SpVgg Bayreuth | 0:0 | ||
| 21.04.2009 | 19:00 | FC Memmingen | - | TSV Buchbach | 0:0 |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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SpVgg Weiden | 20 | 12 | 6 | 2 | 37:19 | 18 | 42 |
| 2 |
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SpVgg Bayreuth | 20 | 11 | 5 | 4 | 36:22 | 14 | 38 |
| 3 |
|
TSV Aindling | 20 | 10 | 7 | 3 | 42:18 | 24 | 37 |
| 4 |
|
FC Memmingen | 20 | 10 | 5 | 5 | 28:19 | 9 | 35 |
| 5 |
|
1. FC Bad Kötzting | 20 | 9 | 4 | 7 | 32:32 | 0 | 31 |
| 6 |
|
FC Ismaning | 20 | 9 | 3 | 8 | 43:33 | 10 | 30 |
| 7 |
|
SpVgg Bayern Hof | 20 | 8 | 6 | 6 | 28:19 | 9 | 30 |
| 8 |
|
SpVgg Ansbach | 20 | 8 | 6 | 6 | 26:24 | 2 | 30 |
| 9 |
|
FSV Erlangen-Bruck | 20 | 8 | 5 | 7 | 33:29 | 4 | 29 |
| 10 |
|
TSV Buchbach | 20 | 7 | 7 | 6 | 29:22 | 7 | 28 |
| 11 |
|
VfL Frohnlach | 20 | 8 | 4 | 8 | 38:34 | 4 | 28 |
| 12 |
|
FC Ingolstadt 04 II | 20 | 7 | 6 | 7 | 23:27 | -4 | 27 |
| 13 |
|
TSG Thannhausen | 20 | 8 | 2 | 10 | 33:34 | -1 | 26 |
| 14 |
|
SV Seligenporten | 20 | 4 | 10 | 6 | 22:31 | -9 | 22 |
| 15 |
|
Würzburger Kickers | 20 | 5 | 2 | 13 | 28:51 | -23 | 17 |
| 16 |
|
Würzburger FV | 20 | 2 | 9 | 9 | 22:35 | -13 | 15 |
| 17 |
|
TSV 1896 Rain | 20 | 4 | 3 | 13 | 25:47 | -22 | 15 |
| 18 |
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1. FC Schweinfurt 05 | 20 | 3 | 4 | 13 | 19:48 | -29 | 13 |
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# Erstmals seit der Saison 1977/78 beendeten drei Teams in der Abstiegszone die Saison punktgleich. Daher mussten zwischen dem TSV Rain am Lech, dem Würzburger FV und dem FV Seligenporten drei Entscheidungsspiele um Klassenerhalt, Relegation bzw. Abstieg ausgetragen werden. Aufsteiger Rain siegte 2:0 gegen Würzburg und 5:1 gegen Seligenporten und hielt so die Klasse. Im dritten Spiel gewann Seligenporten 4:0 gegen Würzburg, womit nach den Kickers auch der zweite Würzburger Verein absteigen musste. Seligenporten sicherte schließlich in den Relegationsspielen die Zugehörigkeit zur Bayernliga. |
