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| 29.11.2008 | 14:00 | VfL Frohnlach | - | TSV Aindling | 1:2 | |
| 14:00 | FC Ismaning | - | Würzburger Kickers | 1:3 | ||
| 14:00 | Würzburger FV | - | SpVgg Ansbach | 4:1 | ||
| 14:00 | 1. FC Bad Kötzting | - | TSG Thannhausen | 1:1 | ||
| 14:00 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | SpVgg Weiden | 0:1 | ||
| 14:00 | SpVgg Bayreuth | - | FC Memmingen | 1:0 | ||
| 30.11.2008 | 14:00 | FSV Erlangen-Bruck | - | SV Seligenporten | 2:1 | |
| 01.04.2009 | 18:30 | TSV Buchbach | - | FC Ingolstadt 04 II | 0:3 | |
| 15.04.2009 | 18:15 | TSV 1896 Rain | - | SpVgg Bayern Hof | 2:1 |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
SpVgg Weiden | 21 | 13 | 6 | 2 | 38:19 | 19 | 45 |
| 2 |
|
SpVgg Bayreuth | 21 | 12 | 5 | 4 | 37:22 | 15 | 41 |
| 3 |
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TSV Aindling | 21 | 11 | 7 | 3 | 44:19 | 25 | 40 |
| 4 |
|
FC Memmingen | 21 | 10 | 5 | 6 | 28:20 | 8 | 35 |
| 5 |
|
FSV Erlangen-Bruck | 21 | 9 | 5 | 7 | 35:30 | 5 | 32 |
| 6 |
|
1. FC Bad Kötzting | 21 | 9 | 5 | 7 | 33:33 | 0 | 32 |
| 7 |
|
FC Ismaning | 21 | 9 | 3 | 9 | 44:36 | 8 | 30 |
| 8 |
|
SpVgg Bayern Hof | 21 | 8 | 6 | 7 | 29:21 | 8 | 30 |
| 9 |
|
SpVgg Ansbach | 21 | 8 | 6 | 7 | 27:28 | -1 | 30 |
| 10 |
|
FC Ingolstadt 04 II | 21 | 8 | 6 | 7 | 26:27 | -1 | 30 |
| 11 |
|
TSV Buchbach | 21 | 7 | 7 | 7 | 29:25 | 4 | 28 |
| 12 |
|
VfL Frohnlach | 21 | 8 | 4 | 9 | 39:36 | 3 | 28 |
| 13 |
|
TSG Thannhausen | 21 | 8 | 3 | 10 | 34:35 | -1 | 27 |
| 14 |
|
SV Seligenporten | 21 | 4 | 10 | 7 | 23:33 | -10 | 22 |
| 15 |
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Würzburger Kickers | 21 | 6 | 2 | 13 | 31:52 | -21 | 20 |
| 16 |
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Würzburger FV | 21 | 3 | 9 | 9 | 26:36 | -10 | 18 |
| 17 |
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TSV 1896 Rain | 21 | 5 | 3 | 13 | 27:48 | -21 | 18 |
| 18 |
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1. FC Schweinfurt 05 | 21 | 3 | 4 | 14 | 19:49 | -30 | 13 |
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# Erstmals seit der Saison 1977/78 beendeten drei Teams in der Abstiegszone die Saison punktgleich. Daher mussten zwischen dem TSV Rain am Lech, dem Würzburger FV und dem FV Seligenporten drei Entscheidungsspiele um Klassenerhalt, Relegation bzw. Abstieg ausgetragen werden. Aufsteiger Rain siegte 2:0 gegen Würzburg und 5:1 gegen Seligenporten und hielt so die Klasse. Im dritten Spiel gewann Seligenporten 4:0 gegen Würzburg, womit nach den Kickers auch der zweite Würzburger Verein absteigen musste. Seligenporten sicherte schließlich in den Relegationsspielen die Zugehörigkeit zur Bayernliga. |
