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| 20.03.2009 | 18:30 | TSV Aindling | - | FC Ingolstadt 04 II | 2:0 | |
| 21.03.2009 | 15:00 | SV Seligenporten | - | 1. FC Schweinfurt 05 | 1:1 | |
| 15:00 | SpVgg Bayern Hof | - | Würzburger FV | 1:5 | ||
| 15:00 | TSG Thannhausen | - | FC Ismaning | 2:1 | ||
| 15:00 | Würzburger Kickers | - | TSV Buchbach | 1:2 | ||
| 15:00 | 1. FC Bad Kötzting | - | SpVgg Bayreuth | 0:0 | ||
| 15:00 | SpVgg Weiden | - | VfL Frohnlach | 2:1 | ||
| 15:00 | SpVgg Ansbach | - | FC Memmingen | 0:1 | ||
| 16:00 | FSV Erlangen-Bruck | - | TSV 1896 Rain | 1:1 |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
SpVgg Weiden | 24 | 16 | 6 | 2 | 46:21 | 25 | 54 |
| 2 |
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TSV Aindling | 24 | 13 | 8 | 3 | 51:19 | 32 | 47 |
| 3 |
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SpVgg Bayreuth | 24 | 12 | 8 | 4 | 38:23 | 15 | 44 |
| 4 |
|
FC Memmingen | 24 | 11 | 6 | 7 | 30:25 | 5 | 39 |
| 5 |
|
FSV Erlangen-Bruck | 24 | 10 | 7 | 7 | 40:31 | 9 | 37 |
| 6 |
|
TSG Thannhausen | 24 | 10 | 4 | 10 | 40:39 | 1 | 34 |
| 7 |
|
FC Ingolstadt 04 II | 24 | 9 | 7 | 8 | 32:31 | 1 | 34 |
| 8 |
|
SpVgg Ansbach | 24 | 9 | 7 | 8 | 31:31 | 0 | 34 |
| 9 |
|
FC Ismaning | 24 | 10 | 3 | 11 | 48:40 | 8 | 33 |
| 10 |
|
1. FC Bad Kötzting | 24 | 9 | 6 | 9 | 35:40 | -5 | 33 |
| 11 |
|
TSV Buchbach | 24 | 8 | 8 | 8 | 33:33 | 0 | 32 |
| 12 |
|
VfL Frohnlach | 24 | 9 | 4 | 11 | 44:42 | 2 | 31 |
| 13 |
|
SpVgg Bayern Hof | 24 | 8 | 6 | 10 | 31:30 | 1 | 30 |
| 14 |
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SV Seligenporten | 24 | 5 | 12 | 7 | 28:37 | -9 | 27 |
| 15 |
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Würzburger Kickers | 24 | 7 | 2 | 15 | 39:60 | -21 | 23 |
| 16 |
|
Würzburger FV | 24 | 4 | 9 | 11 | 33:46 | -13 | 21 |
| 17 |
|
TSV 1896 Rain | 24 | 5 | 6 | 13 | 31:52 | -21 | 21 |
| 18 |
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1. FC Schweinfurt 05 | 24 | 4 | 5 | 15 | 23:53 | -30 | 17 |
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# Erstmals seit der Saison 1977/78 beendeten drei Teams in der Abstiegszone die Saison punktgleich. Daher mussten zwischen dem TSV Rain am Lech, dem Würzburger FV und dem FV Seligenporten drei Entscheidungsspiele um Klassenerhalt, Relegation bzw. Abstieg ausgetragen werden. Aufsteiger Rain siegte 2:0 gegen Würzburg und 5:1 gegen Seligenporten und hielt so die Klasse. Im dritten Spiel gewann Seligenporten 4:0 gegen Würzburg, womit nach den Kickers auch der zweite Würzburger Verein absteigen musste. Seligenporten sicherte schließlich in den Relegationsspielen die Zugehörigkeit zur Bayernliga. |
