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| 27.03.2009 | 17:00 | TSV Buchbach | - | SpVgg Weiden | 3:0 | |
| 19:00 | VfL Frohnlach | - | SpVgg Bayern Hof | 1:2 | ||
| 28.03.2009 | 15:00 | FC Ingolstadt 04 II | - | SpVgg Ansbach | 1:1 | |
| 15:00 | FC Memmingen | - | Würzburger Kickers | 2:1 | ||
| 15:00 | FC Ismaning | - | SV Seligenporten | 3:1 | ||
| 15:00 | Würzburger FV | - | TSG Thannhausen | 2:1 | ||
| 15:00 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | FSV Erlangen-Bruck | 1:4 | ||
| 15:00 | TSV 1896 Rain | - | 1. FC Bad Kötzting | 2:1 | ||
| 05.05.2009 | 18:30 | SpVgg Bayreuth | - | TSV Aindling | 3:2 |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
SpVgg Weiden | 25 | 16 | 6 | 3 | 46:24 | 22 | 54 |
| 2 |
|
TSV Aindling | 25 | 13 | 8 | 4 | 53:22 | 31 | 47 |
| 3 |
|
SpVgg Bayreuth | 25 | 13 | 8 | 4 | 41:25 | 16 | 47 |
| 4 |
|
FC Memmingen | 25 | 12 | 6 | 7 | 32:26 | 6 | 42 |
| 5 |
|
FSV Erlangen-Bruck | 25 | 11 | 7 | 7 | 44:32 | 12 | 40 |
| 6 |
|
FC Ismaning | 25 | 11 | 3 | 11 | 51:41 | 10 | 36 |
| 7 |
|
TSV Buchbach | 25 | 9 | 8 | 8 | 36:33 | 3 | 35 |
| 8 |
|
FC Ingolstadt 04 II | 25 | 9 | 8 | 8 | 33:32 | 1 | 35 |
| 9 |
|
SpVgg Ansbach | 25 | 9 | 8 | 8 | 32:32 | 0 | 35 |
| 10 |
|
TSG Thannhausen | 25 | 10 | 4 | 11 | 41:41 | 0 | 34 |
| 11 |
|
SpVgg Bayern Hof | 25 | 9 | 6 | 10 | 33:31 | 2 | 33 |
| 12 |
|
1. FC Bad Kötzting | 25 | 9 | 6 | 10 | 36:42 | -6 | 33 |
| 13 |
|
VfL Frohnlach | 25 | 9 | 4 | 12 | 45:44 | 1 | 31 |
| 14 |
|
SV Seligenporten | 25 | 5 | 12 | 8 | 29:40 | -11 | 27 |
| 15 |
|
Würzburger FV | 25 | 5 | 9 | 11 | 35:47 | -12 | 24 |
| 16 |
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TSV 1896 Rain | 25 | 6 | 6 | 13 | 33:53 | -20 | 24 |
| 17 |
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Würzburger Kickers | 25 | 7 | 2 | 16 | 40:62 | -22 | 23 |
| 18 |
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1. FC Schweinfurt 05 | 25 | 4 | 5 | 16 | 24:57 | -33 | 17 |
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# Erstmals seit der Saison 1977/78 beendeten drei Teams in der Abstiegszone die Saison punktgleich. Daher mussten zwischen dem TSV Rain am Lech, dem Würzburger FV und dem FV Seligenporten drei Entscheidungsspiele um Klassenerhalt, Relegation bzw. Abstieg ausgetragen werden. Aufsteiger Rain siegte 2:0 gegen Würzburg und 5:1 gegen Seligenporten und hielt so die Klasse. Im dritten Spiel gewann Seligenporten 4:0 gegen Würzburg, womit nach den Kickers auch der zweite Würzburger Verein absteigen musste. Seligenporten sicherte schließlich in den Relegationsspielen die Zugehörigkeit zur Bayernliga. |
