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| 05.09.2008 | 19:00 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | 1. FC Bad Kötzting | 2:4 | |
| 06.09.2008 | 15:00 | FC Ismaning | - | FSV Erlangen-Bruck | 1:3 | |
| 15:00 | FC Ingolstadt 04 II | - | Würzburger Kickers | 2:0 | ||
| 15:00 | VfL Frohnlach | - | TSG Thannhausen | 1:2 | ||
| 15:00 | SpVgg Bayreuth | - | TSV 1896 Rain | 5:3 | ||
| 15:00 | Würzburger FV | - | SV Seligenporten | 1:1 | ||
| 15:00 | FC Memmingen | - | SpVgg Weiden | 1:0 | ||
| 17:00 | TSV Buchbach | - | SpVgg Bayern Hof | 0:0 | ||
| 18:00 | TSV Aindling | - | SpVgg Ansbach | 4:0 |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
FC Memmingen | 9 | 6 | 2 | 1 | 14:6 | 8 | 20 |
| 2 |
|
SpVgg Weiden | 9 | 5 | 2 | 2 | 18:10 | 8 | 17 |
| 3 |
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FSV Erlangen-Bruck | 9 | 4 | 4 | 1 | 17:11 | 6 | 16 |
| 4 |
|
TSG Thannhausen | 9 | 5 | 1 | 3 | 21:18 | 3 | 16 |
| 5 |
|
1. FC Bad Kötzting | 9 | 5 | 1 | 3 | 17:16 | 1 | 16 |
| 6 |
|
TSV Aindling | 9 | 4 | 3 | 2 | 17:11 | 6 | 15 |
| 7 |
|
TSV Buchbach | 9 | 4 | 3 | 2 | 16:11 | 5 | 15 |
| 8 |
|
FC Ismaning | 9 | 4 | 2 | 3 | 25:11 | 14 | 14 |
| 9 |
|
SpVgg Bayreuth | 9 | 4 | 2 | 3 | 16:14 | 2 | 14 |
| 10 |
|
SV Seligenporten | 9 | 3 | 4 | 2 | 11:14 | -3 | 13 |
| 11 |
|
VfL Frohnlach | 9 | 4 | 0 | 5 | 20:17 | 3 | 12 |
| 12 |
|
SpVgg Bayern Hof | 9 | 3 | 3 | 3 | 9:8 | 1 | 12 |
| 13 |
|
SpVgg Ansbach | 9 | 3 | 3 | 3 | 10:12 | -2 | 12 |
| 14 |
|
FC Ingolstadt 04 II | 9 | 2 | 3 | 4 | 9:15 | -6 | 9 |
| 15 |
|
1. FC Schweinfurt 05 | 9 | 2 | 2 | 5 | 11:24 | -13 | 8 |
| 16 |
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Würzburger Kickers | 9 | 2 | 0 | 7 | 12:26 | -14 | 6 |
| 17 |
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TSV 1896 Rain | 9 | 1 | 2 | 6 | 13:22 | -9 | 5 |
| 18 |
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Würzburger FV | 9 | 0 | 3 | 6 | 8:18 | -10 | 3 |
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# Erstmals seit der Saison 1977/78 beendeten drei Teams in der Abstiegszone die Saison punktgleich. Daher mussten zwischen dem TSV Rain am Lech, dem Würzburger FV und dem FV Seligenporten drei Entscheidungsspiele um Klassenerhalt, Relegation bzw. Abstieg ausgetragen werden. Aufsteiger Rain siegte 2:0 gegen Würzburg und 5:1 gegen Seligenporten und hielt so die Klasse. Im dritten Spiel gewann Seligenporten 4:0 gegen Würzburg, womit nach den Kickers auch der zweite Würzburger Verein absteigen musste. Seligenporten sicherte schließlich in den Relegationsspielen die Zugehörigkeit zur Bayernliga. |
