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| 26.05.2009 | 17:45 | FC Kuressaare | - | JK Tallinna Kalev | 0:1 (0:0) | |
| 17:45 | Paide Linnameeskond | - | Tulevik Viljandi | 0:1 (0:1) | ||
| 17:45 | JK Narva Trans | - | JK Tammeka | 3:1 (1:0) | ||
| 28.07.2009 | 17:45 | FC Flora | - | JK Sillamäe Kalev | 4:1 (3:1) | |
| 01.08.2009 | 16:00 | FC Levadia | - | JK Nõmme Kalju | 3:1 (1:0) |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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FC Levadia | 13 | 12 | 1 | 0 | 44:6 | 38 | 37 |
| 2 |
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FC Flora | 13 | 9 | 1 | 3 | 25:11 | 14 | 28 |
| 3 |
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JK Sillamäe Kalev | 13 | 8 | 2 | 3 | 33:16 | 17 | 26 |
| 4 |
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Tulevik Viljandi | 13 | 7 | 3 | 3 | 18:15 | 3 | 24 |
| 5 |
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JK Narva Trans | 13 | 7 | 1 | 5 | 28:17 | 11 | 22 |
| 6 |
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JK Nõmme Kalju | 13 | 6 | 1 | 6 | 23:19 | 4 | 19 |
| 7 |
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Paide Linnameeskond | 13 | 3 | 1 | 9 | 6:27 | -21 | 10 |
| 8 |
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FC Kuressaare | 13 | 2 | 3 | 8 | 5:26 | -21 | 9 |
| 9 |
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JK Tallinna Kalev | 13 | 2 | 2 | 9 | 11:21 | -10 | 8 |
| 10 |
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JK Tammeka | 13 | 1 | 1 | 11 | 7:42 | -35 | 4 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Das Spiel FC Kuressaare - JK Nõmme Kalju (19. Spieltag) wurde vom Verband annuliert und für beide Teams mit 0 Punkten und 0 Toren gewertet, da beide nicht freigegebene Spieler eingesetzt haben. |
