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| 29.05.2017 | 18:00 | FC Flora | - | JK Sillamäe Kalev | 3:2 (2:1) | |
| 30.05.2017 | 17:00 | FC Infonet | - | JK Nõmme Kalju | 2:2 (1:0) | |
| 18:00 | Pärnu JK Vaprus | - | Paide Linnameeskond | 0:4 (0:2) | ||
| 19:00 | JK Narva Trans | - | FC Levadia | 0:0 (0:0) | ||
| 19:15 | Tulevik Viljandi | - | JK Tammeka | 1:1 (0:0) |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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FC Flora | 14 | 12 | 2 | 0 | 38:7 | 31 | 38 |
| 2 |
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FC Levadia | 14 | 11 | 3 | 0 | 41:6 | 35 | 36 |
| 3 |
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JK Nõmme Kalju | 14 | 9 | 3 | 2 | 37:14 | 23 | 30 |
| 4 |
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FC Infonet | 14 | 6 | 3 | 5 | 40:18 | 22 | 21 |
| 5 |
|
JK Narva Trans | 14 | 6 | 3 | 5 | 22:18 | 4 | 21 |
| 6 |
|
Paide Linnameeskond | 14 | 4 | 3 | 7 | 17:34 | -17 | 15 |
| 7 |
|
JK Sillamäe Kalev | 14 | 3 | 3 | 8 | 16:26 | -10 | 12 |
| 8 |
|
JK Tammeka | 14 | 2 | 6 | 6 | 13:24 | -11 | 12 |
| 9 |
|
Tulevik Viljandi | 14 | 2 | 1 | 11 | 8:43 | -35 | 7 |
| 10 |
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Pärnu JK Vaprus | 14 | 1 | 1 | 12 | 11:53 | -42 | 4 |
| Champions League Quali. | |
| Abstieg |
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# Pärnu Linnameskond wurde am 11. Januar 2017 aufgelöst. Die Erstligalizenz ging an Pärnu JK Vaprus. # JK Sillamäe Kalev steht am Ende der Saison 2017 als einziger Absteiger durch Lizenzentzug fest. |
