# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FC Flora, Estland FC Flora 29 23 4 2 82:24 58 73
2 FC Levadia, Estland FC Levadia 29 20 7 2 86:17 69 67
3 JK Nõmme Kalju, Estland JK Nõmme Kalju 29 20 4 5 77:24 53 64
4 FC Infonet, Estland FC Infonet 29 18 3 8 90:35 55 57
5 JK Narva Trans, Estland JK Narva Trans 29 10 5 14 38:45 -7 35
6 JK Tammeka, Estland JK Tammeka 29 7 9 13 33:49 -16 30
7 JK Sillamäe Kalev, Estland JK Sillamäe Kalev 29 8 5 16 41:66 -25 29
8 Paide Linnameeskond, Estland Paide Linnameeskond 29 6 7 16 33:75 -42 25
9 Tulevik Viljandi, Estland Tulevik Viljandi 29 7 2 20 27:78 -51 23
10 Pärnu JK Vaprus, Estland Pärnu JK Vaprus 29 2 2 25 23:117 -94 8
  Champions League Quali.
  Abstieg

# Pärnu Linnameskond wurde am 11. Januar 2017 aufgelöst. Die Erstligalizenz ging an Pärnu JK Vaprus.

# JK Sillamäe Kalev steht am Ende der Saison 2017 als einziger Absteiger durch Lizenzentzug fest.