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| 28.04.2017 | 18:00 | FC Levadia | - | Pärnu JK Vaprus | 8:0 (3:0) | |
| 18:00 | Tulevik Viljandi | - | FC Flora | 0:2 (0:2) | ||
| 18:30 | JK Tammeka | - | JK Nõmme Kalju | 1:3 (0:2) | ||
| 29.04.2017 | 12:00 | JK Narva Trans | - | JK Sillamäe Kalev | 3:1 (2:1) | |
| 30.04.2017 | 18:00 | FC Infonet | - | Paide Linnameeskond | 6:1 (2:0) |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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FC Levadia | 9 | 7 | 2 | 0 | 30:3 | 27 | 23 |
| 2 |
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FC Flora | 9 | 7 | 2 | 0 | 20:4 | 16 | 23 |
| 3 |
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JK Nõmme Kalju | 9 | 6 | 2 | 1 | 25:9 | 16 | 20 |
| 4 |
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JK Narva Trans | 9 | 5 | 1 | 3 | 18:13 | 5 | 16 |
| 5 |
|
FC Infonet | 9 | 4 | 1 | 4 | 23:11 | 12 | 13 |
| 6 |
|
JK Tammeka | 9 | 2 | 4 | 3 | 10:14 | -4 | 10 |
| 7 |
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Paide Linnameeskond | 9 | 3 | 1 | 5 | 11:28 | -17 | 10 |
| 8 |
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Tulevik Viljandi | 9 | 2 | 0 | 7 | 7:26 | -19 | 6 |
| 9 |
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JK Sillamäe Kalev | 9 | 1 | 2 | 6 | 9:19 | -10 | 5 |
| 10 |
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Pärnu JK Vaprus | 9 | 0 | 1 | 8 | 7:33 | -26 | 1 |
| Champions League Quali. | |
| Abstieg |
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# Pärnu Linnameskond wurde am 11. Januar 2017 aufgelöst. Die Erstligalizenz ging an Pärnu JK Vaprus. # JK Sillamäe Kalev steht am Ende der Saison 2017 als einziger Absteiger durch Lizenzentzug fest. |
